Μετά την άρση του πολύχρονου σκληρού διωγμού (1945-1991) και την αποκατάσταση της θρησκευτικής ελευθερίας, η Ορθόδοξος Αυτοκέφαλος Εκκλησία της Αλβανίας, υπό την καθοδήγηση του Μακαριωτάτου Αρχιεπισκόπου, κ. Αναστασίου, αναγεννήθηκε από τις στάχτες της.
Παρά τις δυσκολίες που αντιμετώπισε κατά καιρούς, ανασυγκροτήθηκε εκ θεμελίων και, με τη χάρη του Θεού και τη συμπαράσταση αναρίθμητων καλοθελητών της ανά τον κόσμο, αναπτύσσει το πολύπλευρο έργο της με γρήγορους ρυθμούς. Συμπάσχοντας με τις ανησυχίες και τα δεινοπαθήματα του λαού, συμβάλλει ταυτόχρονα και στην κοινωνική και πνευματική ανασυγκρότηση της χώρας μας.
Αναδιοργανώθηκαν περίπου 460 ορθόδοξες ενορίες και αναπτύχθηκε το λειτουργικό, κηρυκτικό και κατηχητικό έργο σε πόλεις και χωριά.
Το 1998 συγκροτήθηκε η Ιερά Σύνοδος της Ορθοδόξου Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Αλβανίας απαρτιζόμενη από τον Αρχιεπίσκοπο Αναστάσιο, τον Μητροπολίτη Βερατίου Ιγνάτιο, τον Μητροπολίτη Κορυτσάς Ιωάννη, τον Επίσκοπο Απολλωνίας Κοσμά (εκοιμήθη το 2000) και με Αρχιγραμματέα τον Πρωτοπρεσβύτερο Ιωάννη Trebicka.
Το 2006 χειροτονήθηκαν τρεις νέοι επίσκοποι: ο Αρχιμανδρίτης Δημήτριος Σιναΐτης ως Μητροπολίτης Αργυροκάστρου, ο Αρχιμανδρίτης Νικόλαος Hyka ως Τιτουλάριος Επίσκοπος Απολλωνίας και ο Αρχιμανδρίτης Αντώνιος Merdani ως Τιτουλάριος Επίσκοπος Κρούγιας (οι δυο τελευταίοι είναι Βοηθοί Επίσκοποι του Αρχιεπισκόπου).
Στις 3-4 Νοεμβρίου 2006 συνήλθε στους χώρους της Ιεράς Μονής Αγ. Βλασίου στο Δυρράχιο ειδική Κληρικολαϊκή Συνέλευση της Ορθοδόξου Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Αλβανίας, αποτελουμένη από 257 μέλη, η οποία μελέτησε και αποδέχθηκε ομόφωνα το Νέο Καταστατικό της Εκκλησίας. Λίγες μέρες αργότερα στις 6 Νοεμβρίου συνήλθε η Ιερά Σύνοδος, η οποία ενέκρινε το καταστατικό της Ορθοδόξου Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Αλβανίας.
Στις 24 Νοεμβρίου 2008 υπογράφηκε, βάσει του Συντάγματος της Δημοκρατίας της Αλβανίας (1998), η Συμφωνία για τη ρύθμιση των σχέσεων μεταξύ της Ορθοδόξου Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Αλβανίας και της Αλβανικής Κυβερνήσεως, και η οποία στη συνέχεια επικυρώθηκε από το Αλβανικό Κοινοβούλιο και κατέστη νόμος του Αλβανικού Κράτους υπ’αριθμ. 10057/22.01.2009.
Το 2012 χειροτονήθηκαν ακόμα δυο νέοι επισκόποι: ο Αρχιμανδρίτης Ναθαναήλ Λαυριώτης ως Επίσκοπος Αμαντίας και ο Αρχιμανδρίτης Άστη Bakallbashi ως Επίσκοπος Βύλιδος. Και οι δυο είναι βοηθοί επίσκοποι του Αρχιεπισκόπου. Με τις δύο αυτές νέες χειροτονίες η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Αλβανίας αποτελείται από οκτώ μέλη, για πρώτη φορά στην ιστορία της.