Πρώτος, ο οποίος συνέλαβε την ιδέα ιδρύσεως θεολογικού οικοτροφείου, υπήρξε ο Μητροπολίτης Αθηνών Γερμανός Καλλιγάς (1885-1896). Από τις πρώτες ημέρες της αρχιερατείας του στην πρωτεύουσα λειτούργησε σε υποτυπώδη μορφή οικοτροφείο στο Μητροπολιτικό οίκημα με δέκα οικότροφους, οι οποίοι ζούσαν υπό την επιτήρησή του με αυστηρό μοναστηριακό τυπικό, οι περισσότεροι από τους οικότροφους μετά την αποφοίτησή τους από τη Θεολογική Σχολή έγιναν κληρικοί.
Ο Αθηνών Γερμανός μερίμνησε για την δημιουργία ιεροδιδασκαλείου στη περιοχή των Αμπελοκήπων σε κτήμα της Ι. Μονής του αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στη θέση «Παναγία η Χελωνού». Δυστυχώς ο Γερμανός δεν ευτύχησε να δει τη Σχολή να λειτουργεί διότι πέθανε αιφνιδίως στις 18 Ιανουαρίου 1896.
Ο διάδοχός του Αθηνών Προκόπιος Β΄ (1896-1901) αποπεράτωσε τη Σχολή, αλλά δεν κατόρθωσε να τη λειτουργήσει, διότι το κτίριο επιτάχθηκε από το κράτος και μετά από πολλές περιπέτειες στεγάζει σήμερα τη Σχολή Αστυνομίας.
Ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Παπαδόπουλος (1923-1938) ζώντας από κοντά σαν καθηγητής της Θεολογικής Σχολής τα προβλήματα των φοιτητών και κυρίως των υποψηφίων κληρικών, έθεσε πρωταρχικό του μέλημα την ίδρυση ενός θεολογικού οικοτροφείου. Με εντολή του χρησιμοποιήθηκαν σε πρώτη φάση μερικά κελιά της Ι. Μονής Ασωμάτων Πετράκη για τη διαμονή απόρων φοιτητών της θεολογίας.
Τον Ιούνιο του 1933 η Ιερά Σύνοδος αποφάσισε την ίδρυση θεολογικού οικοτροφείου, το οποίο περιλάμβανε και φροντιστήριο ιεροκηρύκων. Στο οικοτροφείο θα διδάσκονταν εκκλησιαστική μουσική, οι οικότροφοι θα ασκούνταν στη λειτουργική, στο τυπικό, στη κατήχηση, στο κήρυγμα του Θείου Λόγου και σε μία ή δύο ξένες γλώσσες. Εφορεία από Συνοδικούς Ιεράρχες θα διηύθυνε και θα διοικούσε το οικοτροφείο με βάση ειδικό κανονισμό. Με πρότυπο το σύστημα της Χάλκης κάθε Μητροπολίτης θα συντηρούσε ένα τουλάχιστον υπότροφο, τον οποίο θα παρακολουθούσε και μετά την αποφοίτησή του θα προσλάμβανε στην υπηρεσία της Μητροπόλεώς του.
Το κτίριο θεμελιώθηκε από τον Αρχιεπίσκοπο Χρυσόστομο Παπαδόπουλο μετά από πολλές περιπέτειες και δυσκολίες λόγω ενεργειών των περίοικων στις 22 Ιουλίου 1937 σε χώρο της Ιεράς Μονής Πετράκη.
Ο διαδεχθείς τον Χρυσόστομο Αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος Φιλιππίδης (1938-1941) ευτύχησε να δει τελειοποιημένο το κτίριο, αλλά λόγω του πολέμου δεν κατόρθωσε να λειτουργήσει διότι μετατράπηκε σε στρατιωτικό νοσοκομείο λόγω των συνθηκών.
Με ενέργειες του Αρχιεπισκόπου Δαμασκηνού (1941-1949) και του Γενικού Διευθυντού της Αποστολικής Διακονίας καθηγητού Βασίλειου Βέλλα το 1948 σε ένα διαμορφωμένο κατάλληλα υπόγειο διαμέρισμα της Ι. Μονής Πετράκη στεγάστηκαν οι πρώτοι 10 φοιτητές του θεολογικού οικοτροφείου.
Με την άνοδο στον αρχιεπισκοπικό θρόνο του από Ιωαννίνων Σπυρίδωνος Βλάχου (1949-1956) το οικοτροφείο γνώρισε τη πιο λαμπρή του περίοδο. Το 1950 σε έναν όροφο του κτιρίου φιλοξενήθηκαν οι πρώτοι 40 φοιτητές. Μέχρι το τέλος του έτους σε ολόκληρο πλέον το κτίριο διέμεναν 90 φοιτητές. Πρώτος προσωρινός διευθυντής διορίσθηκε ο Αρχιμ. Βαρνάβας Τζωρτζάτος (μετέπειτα Μητροπολίτης Κίτρους) και σε λίγους μήνες τον διαδέχθηκε ο Μητροπολίτης πρ. Λήμνου Βασίλειος Ατέσης (15 Σεπτεμβρίου 1950).
Το οικοτροφείο ξεκινά στη δεκαετία του 1950 τη λαμπρή του πορεία και τη δράση του στον εκκλησιαστικό χώρο. Στα μέσα της δεκαετίας οι τρόφιμοι έφτασαν τους 202, στους οποίους περιλαμβάνονταν και αρκετοί αλλοδαποί. Παράλληλα οι φοιτητές του οικοτροφείου ανέπτυξαν πλούσια ιεραποστολική και κατηχητική δράση τόσο στις ενορίες των Αθηνών αλλά και με εξορμήσεις στην επαρχία βοήθησαν σημαντικά τις τοπικές εκκλησίες στο δύσκολο κατηχητικό έργο εκείνων των ημερών. Ιδιαίτερη φροντίδα καταβλήθηκε για τη θεολογική μόρφωση και εκκλησιολογική κατάρτιση των φοιτητών με βασική αρχή το βίωμα της χριστιανικής αλήθειας. Το όλο πρόγραμμα των φοιτητών ήταν βασισμένο στην εκκλησιαστική και λειτουργική εμπειρία. Αξίζει να σημειώσουμε ότι αρκετοί ήταν οι επίσημοι ξένοι επισκέπτες του οικοτροφείου εφόσον αποτελούσε το διορθόδοξο κέντρο της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Στο ακαδημαϊκό έτος 1953-4 καθιερώθηκε ως εορτή του οικοτροφείου η μνήμη του Αγ. Ιωάννη του Χρυσοστόμου.
Το 1970 με συνοδική απόφαση το θεολογικό οικοτροφείο μεταφέρθηκε σε τριόροφο κτίριο στη Ν. Φιλοθέη στην οδό Μαρτινέγκου.
Από το 1974 το οικοτροφείο εισήλθε σε μια νέα φάση της ζωής του. Από το κτίριο της Ν. Φιλοθέης μεταφέρθηκε στα κτίρια της νεοπαγούς Ι. Μονής Εισοδίων της Θεοτόκου Καρέα. Από το 1976 ξεκίνησε μια περίοδος οικονομικών προβλημάτων, στοιχείο που δημιούργησε αρκετά προβλήματα και κρίσεις στη εύρρυθμη λειτουργία του οικοτροφείου. Παρά τα προβλήματα το θεολογικό οικοτροφείο συνέχισε τη λειτουργία του και τη προσφορά του στην Εκκλησία. Δεκάδες Επίσκοποι και Καθηγητές Πανεπιστημίων, εκατοντάδες Αρχιμανδρίτες, Πρωτοπρεσβύτεροι και λαϊκοί θεολόγοι συγκαταλέγονται στον κατάλογο των οικότροφων. Ακόμα εκατοντάδες ομόδοξοι και ετερόδοξοι αδελφοί μας, οι οποίοι σήμερα κατέχουν μεγάλες θέσεις στην Εκκλησία και πολιτεία της πατρίδας τους έζησαν και σπούδασαν τα θεολογικά γράμματα στο οικοτροφείο.
Στην αναγέννηση της εκκλησιαστικής ζωής που μεταπολεμικά παρατηρήθηκε στην Ελλάδα δεν μπορεί κανείς να αγνοήσει τον ρόλο του θεολογικού οικοτροφείου της Αποστολικής Διακονίας.
Η Αποστολική Διακονία, με πρωτοβουλία του μακαριστού Αρχιεπισκόπου Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Χριστοδούλου ανακαίνισε, για τη μεταστέγαση του Φοιτητικού Θεολογικού Οικοτροφείου, το εγκαταλελειμμένο 3οροφο κτίριο αυτής, στο Προσκύνημα της Αγίας Βαρβάρας του ομώνυμου Δήμου Αττικής, στο οποίο πριν από χρόνια λειτουργούσε η Σχολή Διακονισσών. Το Φοιτητικό Θεολογικό Οικοτροφείο θα φιλοξενεί περί τους 120 φοιτητές του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Στην τελετή των εγκαινίων, ο Θεοφ. Επίσκοπος Φαναρίου κ. Αγαθάγγελος, Γενικός Διευθυντής της Αποστολικής Διακονίας, τόνισε μεταξύ άλλων:
«Αυτόν τον τελευταίο καιρό στην επικαιρότητα βρίσκεται η τρομοκρατία, που σκορπίζει το θάνατο στους ανθρώπους και γκρεμίζει αυτά που χτίσαμε με τα χέρια μας. Από καιρό όμως ήδη υφιστάμεθα την επίθεση μιας άλλης πνευματικής τρομοκρατίας, που έχει την ιδιότητα να αφήνει άθικτα όχι μόνο τα κτίρια αλλά και τα κορμιά των ανθρώπων. Νεκρώνοντας μόνο τις ψυχές, και δημιουργώντας κοινωνίες μέσα στις οποίες κινούνται απλώς κορμιά και δουλεύουν μυαλά, άδεια όμως συχνά από αγάπη, χωρίς καρδιά, χωρίς ανθρωπιά. Αυτού του είδους η τρομοκρατία στηρίζεται στη διάσπαση της προσωπικότητας, τη σύγχυση, την αλλοίωση του είναι του ανθρώπου. Θέλουμε δε να ελπίζουμε, ότι το Θεολογικό Οικοτροφείο θα συμβάλει στην πνευματική προστασία του λαού μας και των άλλων Ορθοδόξων Εκκλησιών. Και ότι θα αναδειχθεί, με τη δύναμη του Θεού, όχι απλώς ένα φυτώριο, αλλά ένας φάρος μικρός που θα φωτίζει την πατρίδα μας, την Εκκλησία μας και τον κόσμο ολόκληρο».
(Από το βιβλίο του Αρχιμ. Νικολάου Πρωτόπαπα, «Συνοπτική ιστορία του θεολογικού οικοτροφείου της Αποστολικής Διακονίας, Αποστολική Διακονία, 1986)