Στις 23 Ιουλίου 1833 δημοσιεύθηκε το διάταγμα περί Συνόδου και διορίστηκαν τα πρώτα μέλη. Έδωσαν όρκο ενώπιον του Βασιλέα στις 27 Ιουλίου και στη συνέχεια τελέσθηκε δοξολογία. Έτσι ιδρύθηκε η «Ιερά Σύνοδος του Βασιλείου της Ελλάδος». Η αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος ιδρύθηκε χωρίς τη συγκατάθεση (έγκριση) του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Η βαυαροκρατία και το Αυτοκέφαλο της Εκκλησίας της Ελλάδος
Ο Όθωνας ορκίστηκε να προστατεύει την επικρατούσα θρησκεία των Ελλήνων και να διαφυλάττει το Σύνταγμα και τους νόμους του Ελληνικού έθνους. Ορκίστηκε επίσης, να διατηρεί και να υπερασπίζει την εθνική αυτονομία και την ακεραιότητα του Ελληνικού κράτους.
Ο Μάουρερ σε συνεργασία με τον αρχιμανδρίτη Θεόκλητο Φαρμακίδη κατάρτισε επταμελή επιτροπή, υπό την προεδρία του Πανούτσου Νοταρά, δύο πρόσφυγες Αρχιερείς, τον Φαρμακίδη, τον Σκαρλάτο Βυζάντιο, τον Σπυρίδωνα Τρικούπη και τον Κωνσταντίνο Σχινά. Αυτοί, αποφάσισαν την ίδρυση της «Ιεράς Συνόδου του Βασιλείου της Ελλάδος», η οποία θα ήταν αρχικά πενταμελής.
Την Σύνοδο αυτή θα διόριζε ο εκάστοτε Βασιλιάς. Αποφάσισε επίσης τη διοργάνωση της εκκλησιαστικής ζωής, έτσι που η Εκκλησία να εξαρτάται απόλυτα από την Πολιτεία. Μ΄ αυτό τον τρόπο, εισαγόταν η αρχή της απόλυτης πολιτειοκρατίας στις σχέσεις Εκκλησίας και Πολιτείας, η οποία επεσώρευσε αρκετά δεινά στις σχέσεις Κράτους και Εκκλησίας.
Ο Μάουρερ με τον Φαρμακίδη συνέταξαν καταστατικό για τη διοίκηση της Εκκλησίας. Σύμφωνα μ΄ αυτό, κεφαλή της Εκκλησίας για την διοίκηση των εσωτερικών αναγνωριζόταν ο Ρωμαιοκαθολικός Βασιλιάς Όθωνας. Θα σχηματιζόταν Διαρκής Σύνοδος, στην οποία, όταν συνεδρίαζε, θα παρευρισκόταν και Βασιλικός Επίτροπος με αποφασιστικές αρμοδιότητες. Οι Επίσκοποι θα διορίζονταν από τον Βασιλιά και η μισθοδοσία τους θα γινόταν από το Κράτος. Τα μοναστήρια θα περιορίζονταν.
Ο Βαυαρός Μάουρερ -ως προτεστάντης που ήταν- αναμείγνυε τα συμφέροντα της Ελλαδικής Εκκλησίας με τις προτεσταντικές αντιλήψεις. Γι’ αυτό, τον πρώτο που κάλεσε σε συνεργασία για τη ρύθμιση και τακτοποίηση των εκκλησιαστικών ζητημάτων ήταν ο Αρχιμανδρίτης Θεόκλητος Φαρμακίδης. Ο Μάουρερ του ζήτησε να υποβάλλει γραπτώς τις γνώμες του. Αργότερα όμως, οικειοποιήθηκε τις εκτεθείσες εισηγήσεις του Φαρμακίδη, ως να επρόκειτο για δικό του σύγγραμμα. Καυχιόνταν ότι η ίδρυση του αυτοκεφάλου ήταν δικό του κατόρθωμα. Ο ισχυρισμός του Μάουρερ όμως ερχόταν σε αντίθεση με τα λεγόμενα του Φαρμακίδη περί πατρότητας της ιδέας της αυτοκεφαλίας της Εκκλησίας της Ελλάδος. Ο Φαρμακίδης έγραφε ότι η ιδέα του αυτοκεφάλου ανήκει στον ίδιο.
Ο επίσημος επινοητής της ανακήρυξης της Ελλαδικής Εκκλησίας ως αυτοκέφαλης και αυτοκυβέρνητης -με αυθαίρετο τρόπο και χωρίς τη συγκατάθεση του Οικουμενικού Πατριαρχείου- Μάουρερ ήξερε πολύ καλά ότι η ενέργεια αυτή θα είχε θλιβερά αποτελέσματα. Πίστευε ότι η Εκκλησία της Ελλάδος έπρεπε να είναι ανεξάρτητη από ένα Πατριάρχη τον οποίο τοποθέτησε και υποστήριζε ο Σουλτάνος. Γι’ αυτό, η Ελληνική Εκκλησία έπρεπε να είναι ελεύθερη από πολιτικές σχέσεις που την συνέδεαν με την Οθωμανική εξουσία.
Υπάρχει η αντίληψη ότι η σκέψη του Μάουρερ επηρεαζόταν από την κατάσταση που επικρατούσε στη δική του πατρίδα, όπου η κοσμική εξουσία της Βαυαρίας κυριαρχούσε πάνω στην Καθολική και Προτεσταντική Εκκλησία. Για το λόγο αυτό θεωρούσε την Εκκλησία ως υπηρεσία υφιστάμενη του κράτους. Ο ίδιος ο Μάουρερ όμως δε δεχόταν τον ισχυρισμό ότι επηρεάζονταν από το εκκλησιαστικό καταστατικό της Βαυαρίας. Έλεγε ότι ο καταστατικός νόμος έμοιαζε μ΄ εκείνον της Βαυαρίας, αλλά έμοιαζε και με το συνοδικό σύστημα που εισήγαγε στη Ρωσία ο Μέγας Πέτρος[. Ο Όθωνας συμμεριζόταν την άποψη του Μάουρερ ότι η Εκκλησία έπρεπε να τεθεί ουσιαστικά υπό τον έλεγχο της Πολιτείας.
Στις 23 Ιουλίου 1833 δημοσιεύθηκε το διάταγμα περί Συνόδου και διορίστηκαν τα πρώτα μέλη. Έδωσαν όρκο ενώπιον του Βασιλέα στις 27 Ιουλίου και στη συνέχεια τελέσθηκε δοξολογία. Έτσι ιδρύθηκε η «Ιερά Σύνοδος του Βασιλείου της Ελλάδος».
Η αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος ιδρύθηκε χωρίς τη συγκατάθεση (έγκριση) του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Το αυτοκέφαλο έγινε με βάση την εκκλησία της Ρωσίας και την άποψη του Μ. Πέτρου. Έτσι δικαιολογεί την αποκοπή από το Οικουμενικό Πατριαρχείο ο Φαρμακίδης.
Με τον τρόπο που έγινε η ίδρυση της Εκκλησίας υπήρξαν και άλλες αντιδράσεις από λίγους κληρικούς που η αντιβασιλεία τους ανάγκασε σε εξορία. Με το αυτοκέφαλο της Εκκλησίας επιθέσεις δέχθηκαν ο Φαρμακίδης και ο Μάουρερ, από τον Κωνσταντίνο Οικονόμου τον εξ Οικονόμων, που ήταν εγκατεστημένος στην Ελλάδα από το 1834. Ο Φαρμακίδης δεν ενέκρινε τη Μετάφραση της Αγίας Γραφής του Νεόφυτου Βάμβα. Μετέπειτα, ξέσπασε και ο σάλος από θεοσεβίστικες γνώμες του Θεόφιλου Καΐρη. Όλα αυτά αποδίδονταν στον Φαρμακίδη, την στιγμή που ο ίδιος αιφνιδίως εγκατέλειπε την θέση του Γραμματέως της Ιεράς Συνόδου στις 10 Νοεμβρίου 1839 και μετατέθηκε ως καθηγητής στη Φιλοσοφική Σχολή.
Πηγή: pemptousia.gr / Σωτήριος Μυλωνάς, Υποψήφιος Δρ. Θεολογίας