Η Λάρνακα αποτελεί την άμεση ιστορική συνέχεια του αρχαίου Κιτίου, μιας από τις ελάχιστες πόλεις στον κόσμο που η ίδρυσή τους ανάγεται στα πανάρχαια χρόνια του πρώτου βιβλίου της Αγίας Γραφής. Συγκεκριμένα, στο βιβλίο της Γένεσης γίνεται λόγος για τον ιδρυτή της πόλης, τον Κιττείμ, γιο του Ιαυάν (η Ιωύαν, κατά τη μετάφραση των Ο΄) δηλαδή του Ίωνα, γενάρχη των Ιώνων = Ελλήνων, ο οποίος ήταν γιος του Ιάφεθ και εγγονός του Νώε (2η π.χ.χιλιετηρίδα).
Το Κίτιο υπήρξε από τα πρώτα χρόνια του Χριστιανισμού έδρα Επισκόπου με πρώτο, κατά την παράδοση, Επίσκοπο τον Άγιο Λάζαρο, ο οποίος κυνηγημένος από τους Ιουδαίους, κατέφυγε σ’ αυτό όπου έζησε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του.
Κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας (1191-1571) η Επισκοπή Κιτίου καταργήθηκε μαζί με άλλες, από τους ξένους κυρίαρχους, και συγχωνεύτηκε με την Επισκοπή Λευκωσίας. Μετά την τουρκική κατάκτηση του 1571 η Επισκοπή Κιτίου επανασυστάθηκε, περιλαμβάνοντας τώρα στα όριά της τις παλιές Επισκοπές Κιτίου, Αμαθούντος, Λεμεσού και Κουρίου με έδρα τη Λάρνακα. Μέχρι τα μέσα του 18ου αιώνα η Μητρόπολη βρισκόταν στον ιερό ναό Αγ. Ιωάννου του Θεολόγου ο οποίος ήταν και ο καθεδρικός. Γύρω στο 1760 μεταφέρθηκε από τον τότε Κιτίου Μακάριο Α΄ (1737-1776) -το σημαντικότερο ίσως Μητροπολίτη Κιτίου της Τουρκοκρατίας- στον ιερό ναό Σωτήρος, όπου και βρίσκεται μέχρι σήμερα.
Κατά τα τραγικά γεγονότα του 1821, ο Κιτίου Μελέτιος Β΄(1810-1821) υπήρξε ο πρώτος σφαγιασθείς μεταξύ των εθνομαρτύρων Ιεραρχών ο δε Κιτίου Κυπριανός (1868-1886) ο πρώτος που έθεσε στους νέους κυρίαρχους Άγγλους, το 1878, το θέμα της εθνικής αποκατάστασης της Κύπρου.
Στον 20ο αιώνα το θρόνο Κιτίου δόξασαν τρεις μεγάλες μορφές της σύγχρονης κυπριακής Εκκλησίας: o Mελέτιος Μεταξάκης (1910-1918), μετέπειτα Οικ. Πατριάρχης, ο Νικόδημος Μυλωνάς (1918-1937) που πέθανε στην εξορία αγωνιζόμενος για τα δίκαια του κυπριακού λαού, και ο Εθνάρχης Μακάριος Γ΄ που από τη Μητρόπολη Κιτίου (1948-1950) ξεκίνησε για να λαμπρύνει μετά τον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Κύπρου.
Το 1973 η Μητροπολιτική επαρχία Κιτίου διχοτομήθηκε, με τη δημιουργία ξεχωριστής Μητροπόλεως για τη Λεμεσό. Από τότε η Επισκοπή Κιτίου περιορίστηκε στα αρχαία όρια, της επαρχίας Λάρνακας,