Ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά, θεωρείται ένας εκ των αρχαιοτέρων Ναών της Θεσσαλονίκης. Χρονολογείται από το 5ο μ.Χ. αιώνα.
Παρά τις ανοικοδομήσεις λόγω των πυρκαγιών που υπέστη, δεν έχασε το αρχικό του σχέδιο. Οι δύο κίονες οι οποίοι βρίσκονται στην στοά του Νάρθηκα (Κεντρική είσοδος του Ναού), η διαρρύθμιση του Ναού, τα περίφημα γλυπτά παλαιοχριστιανικά κιονόκρανα της Βασιλικής του Αγίου Μηνά, όπως αναγράφονται και φυλάσσονται στο Βυζαντινολογικό Μουσείο των Αθηνών, αλλά και το Βάθρο του Δεσποτικού, ευρισκόμενο στο Ιερό Βήμα του Ναού, αποτελούν την καλύτερη απόδειξη.
Η τελευταία ανοικοδόμηση του Ναού έγινε το έτος 1852, όπως αποδεικνύεται από εντοιχισμένη επιγραφή πάνω από την κύρια είσοδο του Ναού. Όπως διαπιστώνετε από διάφορες πηγές ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά χρησιμοποιήθηκε στην αρχή ως Μοναστήρι.
Εδώ μόνασε ο ‘Άγιος Γρηγόριος ο Δεκαπολίτης τον 9ο αιώνα. Κατά το έτος 1979 κατά την διάρκεια εργασιών για την αποκατάσταση των ζημιών από το μεγάλο σεισμό του έτους 1979 ( 20/6/1978) απεκαλύφθη ημιυπόγειος θολωτή κρύπτη (οστεοφυλάκιο), παραπλεύρως του Ιερού Βήματος, εντός της οποίας βρέθηκαν πλήθος κιβωτίων (20 περίπου) τα οποία περιείχαν ανθρώπινα οστά. Σε πολλά κιβώτια τα οστά ήταν περιτυλιγμένα με επιτραχήλια και έξω των κιβωτίων αναγραφόταν “Ιερομοναχος …. Τάδε” ή “Μοναχός …. Τάδε“. Τα οστά (λείψανα) αυτά, με τη φροντίδα του μακαριστού Παναγιότατου Μητροπολίτου Θεσσαλονίκης κ. Παντελεήμονος του Β, τοποθετήθηκαν σε καινούρια κιβώτια και φυλάσσονται εντός του Παρεκκλησίου του Ναού.
Τέλος, σε πλείστα συγγράμματα ξένων και ημετέρων αναφέρεται ο ‘Άγιος Μηνάς ως καμένο Μοναστήρι. “Γιαννίκ Μοναστήρ μαχα λε” (γειτονιά του καμένου Μοναστηριού). Σε πέντε τουλάχιστον ημερομηνίες αναφέρεται ότι κατεστράφη από πυρκαγιές, σε μία μάλιστα αναφέρεται ότι είχε και επιβλητικό τρούλο, ο οποίος ήταν ορατός από την θάλασσα. Κατά την διάρκεια της τουρκοκρατίας δεν μεταβλήθηκε σε τέμενος (τζαμί) από τους Τούρκους. Ίσως επειδή βρισκόταν στο άκρο της πόλης και φοβόντουσαν τους διαφόρους κακοποιούς. Για το λόγο αυτό η Ελληνική κοινότητα είχε δημιουργήσει στο γυναικωνίτη του Ναού κρυφό νοσοκομείο, στο οποίο νοσηλεύονταν οι τραυματίες Μακεδονομάχοι (μαρτυρία Αλεξάνδρου Σκλαβούνου).
Πίσω από την Αγία Τράπεζα, βρίσκεται πέτρινος αρχιερατικός άμβωνας, επί του οποίου, κατά την παράδοση, ανήλθε και μίλησε προς τους Θεσσαλονικείς ο Απόστολος Παύλος. Κατά την παράδοση, ανήλθε και μίλησε προς τους Θεσσαλονικείς ο Απόστολος Παύλος κατά την δεύτερη επίσκεψη του στην Θεσσαλονίκη. Τον βράχο αυτό αργότερα οι Χριστιανοί τον λόξευσαν και χάραξαν πάνω του διάφορα παλαιοχριστιανικά σύμβολα. Επίσης η παράδοση αναφέρει ότι στο χώρο που βρίσκεται σήμερα ο Ιερός Ναός ήταν η κατοικία του Αγίου Ιάσωνος. Ο άγιος Ιάσων είναι αυτός ο οποίος υποδέχθηκε τον απόστολο Παύλο στη Θεσσαλονίκη και ο οποίος έδωσε αρκετά χρήματα στους Ιουδαίους και απέλυσαν τον Παύλον και τον Σίλαν.
Ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά διετέλεσε και Μητροπολιτικός Ναός. Εις αυτόν έγινε και η δοξολογία κατά την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης υπό του τότε Μητροπολίτου Θεσσαλονίκης μακαριστού κ. Γενναδίου, ενώπιον του στρατηλάτη και ελευθερωτή διαδόχου Κωνσταντίνου. Το παραθρόνιο στο οποίο εκάθησε ο διάδοχος βρίσκεται στην αίθουσα (Μουσείο).
Ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά, κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας υπήρξε κέντρο φιλανθρωπίας και μεγάλης προσφοράς προς την Ελληνική εθνική παιδεία, αφού όπως αναφέρεται στη λογοδοσία των εκκλησιαστικών συμβουλίων της εποχής εκείνης, όλα τα έσοδα του ναού διατίθεντο, σχεδόν για την λειτουργία των Ελληνικών σχολείων. Κατά γενική ομολογία ο Ιερός Ναός του Αγίου Μηνά αποτελεί μοναδικό κόσμημα από άποψη βασιλικού ρυθμού και σύνδεσμο εθνικών πόθων και οραματισμών κατά την μακραίωνη ιστορική πορεία και εξέλιξη της Θεσσαλονίκης και ειδικότερα της Μακεδονίας. Και τέλος από αρχαιολογικής απόψεως ως παλαιοχριστιανικό μνημείο, συγκαταλέγεται μεταξύ των αξιολογότερων μνημείων της Θεσσαλονίκης.
Στην είσοδο του Ναού απαγχονίστηκε από τους Τούρκους στις 28/7/1777 ο Άγιος Νεομάρτυρας Χριστόδουλος ο εκ Κασσάνδρας Χαλκιδικής, ένεκα της μεγάλης του προσφοράς προς την Εκκλησία και το Έθνος.