Μετά την παρέλευση δέκα χρόνων από την Οσιακή κοίμηση του Αγίου Αμφιλόχιου Μακρή, στις 19 Σεπτεμβρίου του 1980, πραγματοποιήθηκε η εκταφή των Ιερών του λειψάνων. Προΐστατο ο τότε Ηγούμενος και μετέπειτα Επίσκοπος Τράλλεων κ. Ισίδωρος και παρευρίσκονταν συμπροσευχόμενοι ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης κ. Τιμόθεος, ο Μητροπολίτης Ρόδου κ. Σπυρίδων, ο Μητροπολίτης Λέρου Καλύμνου και Αστυπαλαίας Ισίδωρος, πολλοί κληρικοί και λαϊκοί από όλο τον ελλαδικό χώρο. Όταν ο τάφος του Αγίου ανοίχτηκε, μία λεπτή ευωδία απλώθηκε όχι μόνο στο κοιμητήριο αλλά και σε όλη τη γύρω περιοχή. Δέος και συγκίνηση κατέλαβε τις ψυχές των παρευρισκομένων. Η τερπνή αυτή ευωδία δεν εξαλείφθηκε ούτε ύστερα από την πλύση των σεπτών του λειψάνων. Ο Ηγούμενος που χρειάστηκε να φύγει γρήγορα για κάποια επείγουσα υπόθεση, επιστρέφοντας έπειτα από δύο με τρεις ώρες είπε στον π. Ηλία: «Μύρισε τα χέρια μου! Ακόμη ευωδιάζουν μετά το άγγιγμα της κάρας του Γέροντα!».
Όπως γράφει ο Αρχιμανδρίτης Παύλος Νικηταράς στο βιβλίο του «Ο Γέροντας Αμφιλόχιος Μακρής»: «Σ’ όλη του τη ζωή εβασανίζετο από αρρώστιες, ήταν ευαίσθητος στα κρυολογήματα και κάθε χρόνο τον επισκέπτετο η γρίπη… Τέλη Μαρτίου 1970 προσεβλήθηκε από πνευμονία· ήταν Μ. Τεσσαρακοστή και με δυσκολία δέχθηκε να πάρη λίγο γάλα. Έδωσε σε όλους τις συμβουλές που ο καθένας είχε ανάγκη. Είχε το προορατικό χάρισμα. Στην προσπάθεια των πνευματικών του παιδιών να τον κρατήσουν με ορούς λίγες μέρες στην ζωή, παρακαλούσε κι έλεγε: αφήστε με, καλά μου παιδιά, να φύγω, ήρθε η ώρα μου. Γιατί, Γέροντα, τούλεγα, δεν μένεις μαζί μας τούτο το Πάσχα; Δίσταζε να μου απάντηση, και δεύτερη και τρίτη φορά τον παρεκάλεσα να μου πη πώς ξέρει ότι θα φύγη σύντομα κι εκείνος με δυσκολία μου απεκάλυψε: ευλογημένε Παύλε, είδα την Παναγία και τον Θεολόγο προ ολίγου και τους παρεκάλεσα να μείνω κοντά στα παιδιά μου κι αυτό το Πάσχα, αλλά μου είπαν «Δεν γίνεται άλλο, ελήφθη η απόφασις, Πάσχα θα κάμης στους Ουρανούς μαζί μας» κι αυτό το λέγω σαν εξομολόγηση, επειδή με βιάζεις, μη το ειπείς σε άλλους.
Κι έφυγε από τον κόσμο της ματαιότητος, αφού έδωσε την ζωήν του για τους άλλους, αφού εργάσθηκε σαν καλός εργάτης στον αμπελώνα του Κυρίου, αφού αρίστευσε στις εξετάσεις του στο στάδιο των πνευματικών ασκήσεων, αφού υπηρέτησε και Εκκλησία και Πατρίδα σαν καλός χριστιανός και ακέραιος Έλληνας. Κοιμήθηκε στις 16 Απριλίου 1970 σε πλήρη διαύγεια των αισθήσεών του. Το λείψανό του πήρε μορφή ουράνια, όψι χαρούμενη κι ειρηνική, απέραντη γαλήνη βασίλευε στο ασκητικό του πρόσωπο, πράγματι αγιασμένου ανθρώπου έκφραση, που εκοιμήθη εν Κυρίω….
Στο μνημόσυνο που τελέστηκε την επόμενη ημέρα από την Ανακομιδή των Ιερών λειψάνων, στην Ιερά Μονή του Ευαγγελισμού στη χώρα της Πάτμου ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης εκφώνησε επιμνημόσυνο ομιλία και απευθυνόμενος στις μοναχές με λόγια καρδιακά είπε: «Έχετε τώρα αυτή τη στιγμή μπροστά σας έναν ατίμητο θησαυρό! Είναι ένας θησαυρός που δεν μοιάζει με τους θησαυρούς της γης. Τούτος ο θησαυρός είναι Ιερός, είναι Άγιος! Ήταν θησαυρός και τότε που ήταν κοντά σας… Οι θησαυροί αυτοί δε θα εκλείψουν ποτέ. Είναι οι Άγιοι, τα Ιερά τους λείψανα. Είναι θησαυροί που διδάσκουν. Τούτο το λείψανο θα σας θυμίζει τη φωνή του, τις συμβουλές του, τους κόπους του, τις θυσίες του, τα δάκρυά του, όλους τους αγώνες του. Μπροστά σε αυτόν τον θησαυρό αποθέτουμε όλη την ευλάβειά μας. Από τον θησαυρό αυτό σαν από πηγή θα παίρνετε τα νάματα, τις ευλογίες του».
Ο Γέροντας Αμφιλόχιος Μακρής εκοιμήθη την Πέμπτη 16 Απριλίου του 1970 μ.Χ. και ετάφη στις 17 Απριλίου στο Κοιμητήριο της Ιεράς Μονής του Ευαγγελισμού. Ήταν φίλος και πνευματικό παιδί του Αγίου Νεκταρίου (βλέπε 9 Νοεμβρίου), ενώ ο ίδιος υπήρξε πνευματικός πατέρας πολλών μεγάλων μορφών της Εκκλησίας, Ελλήνων και ξένων.
Όπως αναφέρει στον πρόλογο του βιβλίου της για τον γέροντα η Καθηγουμένη της Ιεράς Μονής Ευαγγελισμού Μητρός Ηγαπημένου, Μοναχή Χριστονύμφη: «Το νησί της Πάτμου, που ο Κύριος αγίασε με την Αποκάλυψή Του και δόξασε ο μεγάλος εξόριστος Άγιος Ιωάννης ο Θεολόγος, ανέδειξε στις ημέρες μας τον νέο Άγιο της διπλής αγάπης.
Καθώς ο Άγιος Αμφιλόχιος ήταν πνευματικός έκγονος και μιμητής Ευαγγελιστού της Αγάπης, έκλεισε τον Πανάγαθο Τριαδικό Θεό στο θησαυροφυλάκιο της καρδιάς του σαν τον πολυτιμότερο μαργαρίτη. Έγινε το θήραμα του Θείου Κυνηγού, του Ουράνιου Εραστή, που κυνηγά με την αγάπη Του το ανώτερο και ωραιότερο δημιούργημά Του.
Η καρδιά του Αγίου Αμφιλοχίου πληγώθηκε από την αγάπη προς τον Νυμφίο της ψυχής του και την αγάπη προς το αγαπημένο θαύμα του Θεού, τον άνθρωπο. Γι’ αυτό θα αναφωνεί στους αιώνες: ”Τετρωμένη ἀγάπη εἰμί ἐγώ!” ( ᾎσμα ᾀσμάτων ε’, 8 )
Ως γνήσιος νηπτικός Πατέρας είχε διαρκώς στραμμένο τον νου και την καρδιά του προς Αυτόν. Η άπειρη αγάπη Του και οι αναρίθμητες ευεργεσίες Του ήταν το αγαπημένο εντρύφημα της ψυχής του. Βεβαίωσε με τη ζωή του ότι ”ὁ μένων ἐν τῇ ἀγάπῃ ἐν τῷ Θεῷ μένει καὶ ὁ Θεὸς ἐν αὐτῷ” (Α’ Ιω. Δ’ 16), αφού, όπως διακήρυττε ο Ηγαπημένος Μαθητής, ”ὁ Θεὸς ἀγάπη ἐστίν” (Α’ Ιω. Δ’ 8 )
Ως γνήσιος μαθητής του Παρθένου Μαθητού επέλεξε την παρθενική ζωή, για να ζήσει στο έπακρο τη διττή Εντολή του Κυρίου του: ”ἀγαπήσεις Κύριον τὸν Θεόν σου ἐξ ὅλης τῆς καρδίας σου καὶ ἐξ ὅλης τῆς ψυχῆς σου καὶ ἐξ ὅλης τῆς διανοίας σου καὶ ἐξ ὅλης τῆς ἰσχύος σου … καί τὸν πλησίον σου ὡς σεαυτόν” (Μαρκ. 12’ 30 – 31) Το όπλο του Μοναχικού και Ιεραποστολικού του αγώνα ήταν αυτή η διπλή αγάπη, από την οποία ”ὅλος ὁ νόμος καὶ οἱ προφῆται κρέμανται” (Ματθ. κβ’ 40 )
Έχοντας μυστική επαφή με τον Απόστολο της Αγάπης, βάδισε στα ίχνη του και συνέχισε το έργο του. Ολοπρόθυμα δέχτηκε την κλήση του Θεού να Τον ακολουθήσει σε μια ζωή μαθητείας, αφοσίωσης και θυσίας. Έγινε απόστολος του μηνύματος της Μοναχικής αφιέρωσης και συνέβαλε ουσιαστικά στην αναζωπύρωση του Μοναχισμού.
Με τη Χριστομίμητη ασκητική ζωή του έδωσε τη ζωντανή μαρτυρία του Ιησού Χριστού, γιατί και μόνο το ιλαρό και φωτοβόλο βλέμμα του ήταν ένα σιωπηλό αλλά βιωματικό κήρυγμα, που διέδιδε το μήνυμα της αγάπης του Θεού. Μέσα από την νηπτική εργασία του ”έπαθε” και έμαθε τα Θεία και έχοντας προσωπική εμπειρία των Ενεργειών του Αγίου Πνεύματος μετέδωσε την Ευαγγελική Εντολή της αγάπης στους συγχρόνους του. Απέδειξε ότι ”Ἰησοῦς Χριστὸς χθὲς καὶ σήμερον ὁ αὐτὸς καὶ εἰς τοὺς αἰῶνας” (Εβρ. ιγ’ 8 ).
Επειδή ο Άγιος Αμφιλόχιος αγάπησε πάνω από οτιδήποτε άλλο τον Χριστό, αγάπησε τους πάντες και τα πάντα μέσα από την αγάπη του Χριστού».
