Γνώρισε μεγάλη ακμή κατά τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες. Από τον 4ο αιώνα καθιερώθηκε ως ιερός προσκυνηματικός τόπος, αφού συνδέεται με την αποκάλυψη της Γεννήσεως του Θεανθρώπου Χριστού στους βοσκούς από τους αγγέλους (Λκ. β’ 8 – 14).
Εδώ, λοιπόν, δύο χιλιόμετρα ανατολικά της Βηθλεέμ της Ιουδαίας, οι ταπεινοί βοσκοί ευαγγελίστηκαν την Γέννηση του Σωτήρος Χριστού. Τον χώρο του φυσικού σπηλαίου, όπου ήσαν οι Ποιμένες κατά την ώρα της χαρμόσυνης δοξολογικής αγγελίας, τον διαμόρφωσε η βασιλομήτωρ Αγία Ελένη σε ναό και το δάπεδό του το έστρωσαν με πολύχρωμο μωσαϊκό δάπεδο (326 – 333 μ.Χ.). Σύμφωνα με τον Άγιο Ιερώνυμο, αλλά και την τοπική παράδοση, δυτικά του σπηλαίου υπάρχουν οι τάφοι, τριών εκ των μακαρίων εκείνων Ποιμένων που πρώτοι προσκύνησαν το Θείο Βρέφος. Πάνω από το σπήλαιο των Ποιμένων σώζονται τα ερείπια μεγαλόπρεπης μαρμάρινης βασιλικής του 6ου αιώνος.
Η βασιλική αυτή είχε κτιστεί από τον αυτοκράτορα της Κωνσταντινουπόλεως Ιουστινιανό και καταστράφηκε από την επιδρομή των Σασσανιδών Περσών το 614 μ.Χ. Ξανακτίστηκε όμως και πάλι από τον Άγιον Μόδεστο Πατριάρχη Ιεροσολύμων (632 – 634 μ.Χ.), για να εξυπηρετήσει την πληθώρα των προσκυνητών και τις λατρευτικές ανάγκες του πολυσύχναστου πλέον Χριστιανο – Ορθοδόξου προσκυνήματος και μοναστηριού. Μετά την αραβική κατάκτηση και λεηλασία, κτίσθηκε και πάλι μοναστήρι, αλλά περικυκλωμένο με υψηλά τείχη για να προσφέρει άσυλο και προστασία στους μοναχούς της ερήμου, αφού η μονή ευρισκόταν μεταξύ της Αγίας Βηθλεέμ και της ερήμου της Ιουδαίας, και ήτο πέρασμα των μοναχών της Λαύρας του Αγίου Σάββα, της μονής του Αγίου Θεοδοσίου του κοινοβιάρχου, και των αναχωρητών της ερήμου. Στην μονή των Ποιμένων ξαπόσταιναν και διέμεναν με διακονίες που είχαν στην Βηθλεέμ.
Στην «ιστορία της Εκκλησίας των Ιεροσολύμων» αναφέρεται, ότι στην μονή των Ποιμένων υπήρχε μοναστική αδελφότητα μέχρι τον 11ο – 12ο αιώνα. Αργότερα η μονή καταστράφηκε και πάλι, αλλά από τους Σταυροφόρους αυτήν την φορά. Από τότε η άλλοτε πασίγνωστη μονή των Ποιμένων ερήμωσε και παρέμεινε ως προσκύνημα και ως λατρευτικός χώρος των Ορθοδόξων της περιοχής και για τους λιγοστούς προσκυνητές που επισκέπτονταν την Αγία Γη στους μετέπειτα δύσκολους αιώνες της κατοχής των Μαμελούκων και Οθωμανών Τούρκων.
Από τον 5ο αιώνα και σε όλη τη βυζαντινή εποχή ο εορτασμός και η τελετή των Χριστουγέννων άρχιζε την παραμονή στο Προσκύνημα των Ποιμένων με απαγγελία εκτενών ευχών, τροπαρίων, μέχρι τις Μεγάλες Ώρες, ιδίως την 3η ώρα όπου γινόταν και η ανάγνωση του σχετικού χωρίου από το κατά Λουκάν Ιερό Ευαγγέλιο (β’ 8 – 14). Κατόπιν, κλήρος και λαός σε μεγαλοπρεπή πομπή, επήγαιναν, ανέβαιναν με τα πόδια ψάλλοντας στην Βηθλεέμ, στο ιερόν Σπήλαιον της Γεννήσεως για την συνέχεια των Μεγάλων Ωρών και την ακολουθία του εσπερινού των Χριστουγέννων.
Η Ιερά Μονή των Ποιμένων κατέστη γνωστή στο πέρασμα των αιώνων ως «Ποιμενείον», η «Ποίμνιον» η «Δόξα εν Υψίστοις Θεώ», όπως επίσης και ως «Πύργος Γαδέρ», «τα χωράφια του Πατριάρχου Ιακώβ και της Ραχήλ», «τα κτήματα του Βοόζ» και ο χώρος της συναντήσεώς του με την Ρουθ, «τα κτήματα του Ωβήθ, του Ιεσσαί, του Βασιλέως Δαβίδ και ως η περιουσία των Αγίων Θεοπατόρων Ιωακείμ και Άννης», και σύμφωνα με τους Ελληνορθόδοξους Άραβες…, «τα χωράφια της Παναγίας». Ο χώρος της μονής των Ποιμένων εφιλοξένησε στους κόλπους του αγίους ανθρώπους, ερημίτες, οσίους, θαυματουργούς ασκητές και ένα πλήθος μαρτύρων αναιρεθέντων υπό των Περσών, Αράβων κατακτητών και Σταυροφόρων.
Από την Λαυσαϊκή Ιστορία και από το βιβλίο «Άνθη της Ερήμου» πληροφορούμεθα και για τον Όσιο Ποσειδώνιο τον Θηβαίο ο οποίος ασκήτευσε στα χωράφια αυτά των Ποιμένων. Ο Επίσκοπος Παλλάδιος της Ελενοπόλεως της Βιθυνίας (364 – 431 μ.Χ.) αναφέρει τα εξής: «…Έζησα μαζί με τον Αββά Ποσειδώνιο τον Θηβαίο ένα χρόνο στην τοποθεσία Ποιμένιο, έξω από την Βηθλεέμ. Ο Αββάς Ποσειδώνιος ασκήτευσε σε αυτά τα κτήματα της δοξολογίας των Αγγέλων και των Ποιμένων. Ήτο άνθρωπος πράος, ασκητικότατος, άκακος, ταπεινός, απονήρευτος, εγκρατευτής, άνθρωπος της ησυχίας, της ειρήνης, της προσευχής, των πολλών αρετών. Είχε σαράντα χρόνια να γευτεί ψωμί. Ζούσε με άγρια βοτάνια (χόρτα) που μάζευε από τους αγρούς των Ποιμένων, και με χουρμάδες. Ζούσε με την παρουσία αγγέλων και αγίων, και επιτελούσε και ο ίδιος πλήθος θαυμάτων δια των προσευχών του και των ευχών του. Εξεδίωκε τα δαιμόνια από τους ανθρώπους και τους εθεράπευε από κάθε δαιμονική ενέργεια και επήρεια».Είναι πλήθος τα θαύματα που έχουν σημειωθεί και αναφερθεί στη μονή των Ποιμένων κατά την περίοδο των χρόνων 1900 – 1971. Δαιμονιζόμενοι γινόντουσαν καλά, κωφάλαλα παιδιά γινόντουσαν υγιή όταν τα σταύρωνε ο ιερεύς με το μεγάλο κλειδί της πόρτας του σπηλαίου των Ποιμένων. Μουσουλμάνοι ζητούσαν να βαπτιστούν, άνθρωποι που πήγαιναν με κακό σκοπό στη μονή να βεβηλώσουν η να κλέψουν, αόρατη δύναμη τους έδενε και κολλούσαν στη γη, είτε η Παναγία εμφανιζόταν, είτε το μεγάλο φίδι τους κατατρόμαζε, είτε κακό τους εύρισκε. Οι πιστοί, οι κάτοικοι του χωριού ζούσαν τόσα πολλά σημεία και θαυμαστά γεγονότα, που δεν τους ήταν παράξενο να βλέπουν αγγέλους, η την Θεοτόκο, η τον Άγιο Γεώργιο, οι οποίοι τους διόρθωναν σε οποιοδήποτέ τους λάθος. Ήταν ο κόσμος τότε τόσο απλοϊκός, οι άνθρωποι τόσο ταπεινοί και η καρδιά τους, η ψυχή τους αγαθή γη, που ο σπόρος του Θεού έπιανε, και δεν χρειαζόντουσαν ούτε κηρύγματα, ούτε βιβλία, ούτε λόγους, αλλά ένιωθαν την ίδια την παρουσία των αγγέλων, της Παναγίας μας και των Αγίων μας. Σήμερα όμως που οι άνθρωποι αγριέψαμε και λείπει από την ζωή μας η ειρήνη, η αγάπη του Θεού, η απλότης και πλεόνασε η αμαρτία, η διαφθορά, η ασωτία και το κακό…,πως μπορούμε να ελπίζουμε να δούμε σ’ αυτήν την ζωή αγγέλους και να συμψάλλουμε μαζί τους; Είθε ο καλός Θεός να γίνει ίλεως για όλους εμάς, να μας ελεήσει, και να μας φωτίσει να μετανοήσουμε και εξομολογηθούμε αληθινά, για να βρούμε το χαμένο δρόμο της επιστροφής στην απλότητα, στην ταπείνωση, στην άδολη πίστη και στην σωτηρία.
Αρχιμ. Ιγνάτιος
Ηγούμενος Ι. Μονής των Ποιμένων