ნავთლუღის წმ. ბარბარეს სახელობის ეკლესიის დაზიანების ფაქტზე გამოკვეთილი დანაშაულის ნიშნების არსებობის საფუძველზე, სისხლის სამართლებრივი მოკვლევა დაიწყება. სსკ-ის 2592 მუხლით გათვალისწინებულ სამართალდარღვევაზე რეაგირებისთვის კულტურული მემკვიდროების დაცვის ეროვნულმა სააგენტომ საქართველოს შინაგან საქმეთა სამინისტროს წერილობით 31 ივლისს მიმართა. სამართლებრივი პასუხისმგებლობის განსაზღვრის პარალელურად, გამოძიებით დადგინდება იმ პირის ან პირთა ჯგუფის ვინაობა, ვისი უშუალო ინიციატივითაც მე-18 საუკუნის კულტურული მემკვიდროების ძეგლზე უნაბართვო სამუშაოები სარესტავრაციო მეთოდოლოგიების უგულვებელყოფითა და თვითნებურად განხორციელდა.
ეკლესიის დაზიანებაზე პასუხისმგებელი პირების გამოვლენის შემდგომ, ეროვნული სააგენტო მათთვის უძრავი ძეგლის სტატუსის მქონე ნაგებობის საპროექტო პირობებით რესტავრაციის მოთხოვნის პირობებს განსაზღვრავს, რამაც მისი პირველადი იერსახის აღდგენა უნდა უზრუნველყოს. პასუხისმგებელ პირს ან პირთა ჯგუფს განესაზღვრება საპროექტო დოკუმენტაციის მომზადებისა და წარდგენის ვადა, მასზე სარესტავრაციო ნებართვის გასაცემად.
ნათვლუღის სასაფლაოზე მდებარე ,,წმინდა ბარბარეს“ სახელობის ეკლესიაში სააგენტოს ზედამხედველობის სამსახურის სპეციალისტების მონიტორინგის დროს დადგინდა, რომ უნებართვო სამშენებლო სამუშაოებისას ეკლესიის ფასადი მოპირკეთდა ახალი ქვისა და აგურის პერანგით, რამაც დააზიანა და კრიტიკულად შეცვალა ნაგებობის არქიტექტურული იერსახე და ისტორიული ღირებულება. ამავდროულად, ინტერიერში მოეწყო კერამიკული ფილების ახალი იატაკი, რამაც დაფარა ძველი საფლავის ქვები და ეკლესიის თანადროული აგურის იატაკი. იატაკის ფენილის მოწყობისას განადგურდა არსებული იატაკის საფარიც. მნიშვნელოვანი რისკის ქვეშ დადგა იატაკის ქვიშაცემენტის დუღაბის ქვეშ მოქცეული მარმალილოს საფლავის ქვის ეპიტაფიები, რომლებიც შესაძლოა მთლიანად განადგურდეს.