Οι χριστιανικές αλήθειες διαφέρουν ουσιαστικά από τις επιστημονικές και τις θρησκευτικές. Είναι αλήθειες που έχουν άκτιστη προέλευση· αλήθειες που πηγάζουν από τον Θεό και έχουν υποστατικό χαρακτήρα. Είναι αλήθειες ζωής. Βρίσκονται στο πρόσωπο, αποκαλύπτονται και μετέχονται με προσωπική σχέση και κοινωνία. Προσφέρονται ως άκτιστη δωρεά, που δεν συγκρούεται ούτε είναι δυνατό να συγκρουσθεί με την αληθινή επιστήμη, γιατί έχουν διαφορετική φύση και κινούνται στο επίπεδο της ελευθερίας του προσώπου. Οι αλήθειες αυτές υποστασιάζονται στο πρόσωπο του Χριστού, του σαρκωθέντος Λόγου, και αποκαλύπτονται με την χάρη του Αγίου Πνεύματος· του Πνεύματος της ελευθερίας που πνέει όπου θέλει [4].
Ταυτόχρονα όμως οι χριστιανικές αλήθειες έχουν και το κτιστό ένδυμά τους, που είναι πάντοτε ατελές και σχετικό με τον άνθρωπο και την εποχή του. Το ένδυμα αυτό αδυνατεί από την φύση του να περικλείσει το άκτιστο περιεχόμενό τους. Γι’ αυτό και η ορθόδοξη θεολογία έχει αποφατικό χαρακτήρα. Δεν εξαντλεί με τις διατυπώσεις και τους ορισμούς της την αλήθεια της θεογνωσίας, αλλά την περιγράφει και κατευθύνει συμβολικώς προς αυτήν. Γι’ αυτό θεωρεί πάντοτε απαραίτητη την παρουσία «ζωντανών μαρτύρων», των αγίων, για την διατήρηση «σε κάθε δεδομένη ιστορική στιγμή» της αυθεντικής θεογνωσίας [5]. Η χριστιανική αλήθεια δεν είναι ούτε μπορεί να εκλαμβάνεται ως θρησκευτική ιδεολογία η ως ηθική δεοντολογία, όπως συμβαίνει συχνά, αλλά ως μετοχή στην ζωντανή παρουσία του Θεού μέσα στον κόσμο.
Επιπλέον το κτιστό ένδυμα των χριστιανικών αληθειών συνδέεται κάθε φορά με το κοσμοείδωλο, την γλώσσα, το περιβάλλον και το πολιτιστικό επίπεδο των πιστών. Αυτό σημαίνει ότι δεν είναι ορθό να επιχειρούν οι εκκλησιαστικοί παράγοντες να υπαγορεύουν στην επιστήμη και στην επιστημονική έρευνα περιορισμούς στο επίπεδο του κτιστού, όταν αυτές δεν αντιστρατεύονται στους «λόγους» του Δημιουργού Λόγου. Όπως δεν είναι ορθό και η επιστημονική κοινότητα να επιχειρεί να προβάλλει στην Εκκλησία τις μεταφυσικές θεωρίες της ως αναμφισβήτητες. Άλλωστε η ίδια η επιστήμη βεβαιώνει την σχετικότητα και ρευστότητα των αληθειών της [6]. Μόνο οι εκατέροθεν εκτροπές δημιουργούν συγκρούσεις μεταξύ θρησκείας και επιστήμης.
Η ορθόδοξη χριστιανική θεολογία με απόλυτο σεβασμό της ελευθερίας του ανθρώπου για γνώση και άσκηση της κυριαρχικής του εξουσίας μέσα στον κόσμο δεν κηδεμονεύει ούτε επιβάλλει τις θέσεις της στην επιστήμη, όπως επιδίωκε ο Ρωμαιοκαθολικισμός κατά τον μεσαίωνα. Φαινόμενα, όπως αυτά που θρυλούνται για τον πρωτεργάτη της εξελίξεως της νεώτερης επιστήμης Γαλιλαίο, είναι άγνωστα στην ορθόδοξη και την πατερική παράδοση.
Πολλοί Πατέρες της Εκκλησίας ήταν και πανεπιστήμονες. Αναζητούσαν την γνώση των όντων και χρησιμοποιούσαν την επιστήμη ως αφετηρία θαυμασμού της πρόνοιας του Θεού και αφορμή δοξολογίας του. «Παν κτίσμα Θεού καλόν, και ουδέν απόβλητον μετά ευχαριστίας λαμβανόμενον» [7]. Χαρακτηριστικό είναι το έργο του Μ. Βασιλείου, Ομιλίες εις την Εξαήμερον, όπου παρουσιάζεται η δημιουργία του κόσμου με το επιστημονικό ένδυμα της εποχής του. Όπως δηλώνει ο ίδιος, η επιστημονική προσέγγιση και ερμηνεία των φυσικών φαινομένων δεν μειώνει καθόλου τον εκπληκτικό χαρακτήρα τους· «ου γαρ ελαττούται η επί τοις μεγίστοις έκπληξις, επειδάν ο τρόπος καθ’ ον γίνεταί τι των παραδόξων εξευρεθή». Αντιθέτως μάλιστα η επιστημονική γνώση και κατανόηση του κόσμου, όπως ακόμα και η διαπίστωση της πολλαπλάσιας αγνοίας που υπάρχει γι’ αυτόν, αποτελούν αιτίες θαυμασμού και δοξολογίας του Δημιουργού, οι οποίες όμως δεν απασχολούν όσο θα έπρεπε τους σημερινούς μύστες της επιστήμης.
Αυτά που υποπίπτουν στις αισθήσεις όλων μας είναι τόσο θαυμαστά, ώστε και ο πιο έμπειρος νούς αδυνατεί να τα συλλάβει και να αποδώσει επάξιο έπαινο στον Δημιουργό [8]. Και ο πολύ γνωστός άγιος της εποχής μας Πορφύριος ο Καυσοκαλυβίτης, ενώ ήταν ολιγογράμματος, ζούσε βαθύτατα το μεγαλείο της φύσεως δοξάζοντας τον Θεό, ενώ ταυτόχρονα μελετούσε επιστημονικά συγγράμματα και διατύπωνε με τα πνευματικά χαρίσματά του προτάσεις που εξέπλητταν και τους ειδικούς επιστήμονες. Αν ο Αινστάιν με την λογική του υπερνίκησε τις αισθήσεις του και παρουσίασε νέους φυσικούς ορίζοντες του Σύμπαντος διευρύνοντας εκπληκτικά την ανθρώπινη γνώση, οι Άγιοι της Εκκλησίας με τον καθαρό νού τους στραμμένο προς τον νού του Δημιουργού, αποκαλύπτουν νέους πνευματικούς ορίζοντες διευρύνοντας εκπληκτικά την ανθρώπινη εμπειρία.
Αλλά και η ίδια η επιστημονική έρευνα έχει τις απαρχές της στα μοναστήρια της Δύσεως, όπου μοναχοί ερευνούσαν τα μυστικά και τους νόμους της φύσεως, για να γνωρίσουν καλύτερα τον Θεό. Η συνένωση όμως, και πολύ περισσότερο η ταύτιση των δύο επιπέδων της γνώσεως, του επιστημονικού και του θεολογικού, που καλλιεργήθηκε πάλι μέσα στους κόλπους του δυτικού μοναχισμού, είχε τραγικές συνέπειες. Κάθε αμφισβήτηση του κτιστού θρησκευτικού κοσμοειδώλου αντιμετωπιζόταν ως αίρεση και καταδικαζόταν από την Ιερά Εξέταση με περιορισμούς, ποικίλα βασανιστήρια η και με τον διά πυράς θάνατο. Έτσι δημιουργήθηκε χωρίς ουσιαστική αιτία μία οξύτατη σύγκρουση μεταξύ θεολογίας και επιστήμης, η οποία ευτυχώς αμβλύνθηκε στην εποχή μας.
Η σύγκρουση αυτή έχει τις ρίζες της στην θρησκειοποίηση του Χριστιανισμού και την εφαρμογή κοινής μεθοδολογίας στην επιστήμη και την θεολογία. Η κοινή αυτή μεθοδολογία φαλκιδεύει και την επιστήμη και την θεολογία. Έτσι, ενώ η επιστήμη αποκλείει κάθε δυνατότητα αποδεσμεύσεως από την κτιστή εγκοσμιότητα, η θεολογία στερείται την πολύτιμη συμβολή της επιστήμης ως εισαγωγικής οδού και συμβολικού μέσου αναγωγής προς την υπερβατική πραγματικότητα.