Το όνομα και το έργο του Κόντογλου είναι συνδεδεμένο ακατάλυτα με την Θρησκεία. Με την Ορθόδοξη Χριστιανική Πίστη. Όσο όμως είναι σωστό ότι δεν μπορούμε να τον διαχωρίσουμε από την Ορθοδοξία, άλλο τόσο λάθος είναι να τον ταυτίζουμε με την Εκκλησία και με όλους τους λειτουργούς της. Κι αυτό επειδή ο Κόντογλου δεν δίστασε ποτέ να κατακρίνει τα λάθη της, από όποιον κι αν προέρχονταν αυτά.
Παρ’ όλα αυτά πολλοί που ενοχλήθηκαν από τον αγώνα του για την Παράδοση και την Ορθοδοξία τον κατηγόρησαν σαν θρησκόληπτο και σαν έναν άνθρωπο με παρωπίδες, που έκλεινε τα μάτια του μπροστά σε ατοπήματα και σκάνδαλα ιερωμένων, τυφλωμένος από τον φανατισμό του.
Ο γαμπρός του Γιάννης Μαρτίνος ήταν ο πρώτος που δημόσια, σε ένα τηλεοπτικό αφιέρωμα της ΕΡΤ του 1982 (http://www.ert.gr/arxeio-a…/fotis-kontogloy-13-ioylioy-1965/), είχε πει ότι αυτό ήταν ένα ψέμα. Και ότι υπήρχε μια ολόκληρη αλληλογραφία του Κόντογλου που θα αποδείκνυε του λόγου το αληθές, αν αυτή κάποτε δινόταν στην δημοσιότητα. Η αλληλογραφία αυτή υπάρχει σήμερα στο ΑΡΧΕΙΟ ΦΩΤΗ ΚΟΝΤΟΓΛΟΥ και περιμένει τους ερευνητές, που θα την μελετήσουν και θα βάλουν τα πράγματα στην θέση τους. Πέρα όμως από αυτήν υπάρχουν και δημοσιευμένα κείμενα του Κόντογλου, που αποδεικνύουν πόσο αβάσιμα είναι όλα αυτά τα περί «θρησκοληψίας και τυφλού φανατισμού», όπως αυτό που δημοσιεύουμε σήμερα και που γράφτηκε λίγους μήνες πριν από το θάνατό του.
Στο ΑΡΧΕΙΟ ΦΩΤΗ ΚΟΝΤΟΓΛΟΥ υπάρχει κι ένα μικρό μεν, αλλά κεραυνοβόλο ιδιόχειρο σημείωμα του Κόντογλου:
«Αυτοί οι αισχροί και τρισαμαρτωλοί, οι έχοντες κατέβει στον πάτο της κολάσεως των παθών, όταν εξομολογηθεί κανένας Χριστιανός σ΄ αυτούς, παίρνουν ύφος ανωτάτου κριτού και λένε «Αφού δεν κάνεις παιδιά σου βάζω κανόνα να μην κοινωνήσεις επί δέκα χρόνια»! Βρε αισχρέ, αυτά τα λες σ’ αυτούς τους ανθρώπους, που είναι αρχάγγελοι μπροστά σας»;
Ο Φώτης Κόντογλου κατηγορεί :
ΟΙ ΑΝΑΞΙΟΙ ΚΛΗΡΙΚΟΙ ΒΛΑΠΤΟΥΝ ΤΗΝ ΕΚΚΛΗΣIΑ
(Άρθρο του Φώτη Κόντογλου στην εφημερίδα ΕΜΠΡΟΣ – 20/3/1965
“Δυστυχώς όπου σταθεί κανείς ακούει επικρίσεις και παράπονα για τους κληρικούς μας και για την αδράνεια της Εκκλησίας μας, Αυτό στεναχωρεί και θλίβει κάθε Ορθόδοξο Χριστιανό. Η αλήθεια είναι ότι εξαιτίας κάποιων αναξίων κληρικών γενικεύεται η δυσφήμιση της Εκκλησίας και πως εξογκώνονται τα παραστρατήματα των ιερωμένων κι αυτό είναι φυσικό επειδή ο λαός έχει την απαίτηση οι κληρικοί να είναι χωρίς κηλίδα, αλλιώς δεν τους αναγνωρίζει για πνευματικούς οδηγούς του. Οι πολλοί δεν είναι σε θέση να ξεχωρίσουν το πρόσωπο από το πνευματικό λειτούργημα που κάνει και επηρεάζονται τόσο πολύ από κάποια σκάνδαλα που φημολογούνται για κάποιον ιερωμένο, ώστε γίνονται άπιστοι, δεν πατούν πια σε εκκλησία και είναι πολύ δύσκολο έναν τέτοιο αγαναχτισμένο άνθρωπο να τον συμφιλιώσει κανείς ξανά με την Εκκλησία. Αφήνω πως όποιος επιχειρήσει να τον μεταστρέψει από την απέχθεια που πήρε για τη θρησκεία, θα βρει τον μπελά του και μπορεί να ακούσει ότι κι αυτός είναι υποκριτής γιατί σκεπάζει τις αθλιότητες των παπάδων.
Τα σκάνδαλα των ρασοφόρων μας είναι η σπουδαιότερη αιτία που πληθαίνουν οι αιρετικοί και μάλιστα αυτοί, οι νέοι προσήλυτοι, γίνονται φανατικότεροι μέσα στην αίρεση που προσχωρούν,, αηδιασμένοι από τους ανάξιους ιερωμένους μας. Για τούτο πρέπει να τρέμουν οι κληρικοί μην τυχόν και ακουσθεί το παραμικρό σε βάρος τους, γιατί οι ψυχές που χάνονται θα ζητηθούν κάποια μέρα από αυτούς. Ο Χριστός είπε στους μαθητές του ότι αυτοί είναι το φως του κόσμου και το άλας της γής και ότι πρέπει να λάμψει τα φως τους έμπροσθεν των ανθρώπων για να δούνε τα καλά έργα τους και να δοξάσουν τον πατέρα τον εν ουρανοίς, Λοιπόν κι όταν γίνεται το ανάποδο, δηλαδή όταν οι άνθρωποι βλέπουν τα κακά έργα τους, αντί να δοξάσουν το Θεό θα τον βλαστημήσουν. Και αιτία θα είναι όχι οι άθεοι, όχι οι εχθροί του Χριστού, αλλά οι ίδιοι οι μαθητές και αντιπρόσωποί του στον κόσμο – οι «κεχρισμένοι»
Πάντα σε κάθε εποχή υπήρχαν οι ανάξιοι κληρικοί, κοντά στους αγίους ρασοφόρους. Αλλά σήμερα το πράγμα χειροτέρεψε κατά πολύ. Μια από τι πολλές αιτίες αυτής της θλιβερής καταστάσεως είναι το ότι γίνονται συχνά κληρικοί κάποιοι άνθρωποι που δεν έχουν κλίση στη θρησκεία και που γι αυτούς το «ρασοφορείν» είναι ένα επάγγελμα. Ο ιερεύς όχι μόνο πρέπει να έχει κλίση στη θρησκεία, αλλά να φλέγεται από πίστη και αγάπη προς τα θεία και να τελεί την θείαν μυσταγωγίαν με τέτοια κατάνυξη που πολλές φορές να δακρύζει μπροστά στην Αγία Τράπεζα ιερουργώντας με φόβο και τρόμο. Ενώ πολλοί από τους σημερινούς ρασοφόρους αντί η ευσέβειά τους και η κατάνυξή τους να συνεπάρει τους εκκλησιαζόμενους, τους παγώνει η ατονία, η αδιαφορία και η ψυχρότητα με την οποία εκτελούν τις ιεροτελεστίες.
Επειδή λοιπόν λείψανε από την Εκκλησία μας οι ιερωμένοι που έχουν φωτιά μέσα τους, η Εκκλησία αυτή δεν μπορεί παρά να βραδυπορεί ασυγκίνητη κι αδιάφορη για όσα θα έπρεπε να την ενδιαφέρουν ζωηρά. Αδιάφορη για το ότι το ποίμνιό της σκανδαλίζεται και δοκιμάζεται σκληρά η πίστη του από τα καμώματα μερικών ιερωμένων. Αδιάφορη για την παραμόρφωση της ιερής παραδόσεως μας. Αδιάφορη για τα τέκνα της που την αρνούνται, για να πυκνώσουν τις τάξεις των διαφόρων αιρετικών, με κίνδυνο αυτή η αιμορραγία της να καταντήσει θανάσιμη γι αυτήν. Ο τρόπος με τον οποίον θα μπορούσε να διορθωθεί αυτή η πολύ θλιβερή κατάστασις φανερώνεται από τα παραπάνω ότι είναι πολύ απλός. Είναι όμως και πολύ δύσκολη η θεραπεία της. Γιατί για την Εκκλησία του Χριστού δεν υπάρχει κανένα φάρμακο, ούτε καμία μαγική ράβδος, αφού η ίδια έχει για έργο της την καθοδήγηση και την σωτηρία των ανθρώπων.”