Ο ναός της Παναγίας Κρήνας, στους Βαβύλους, κατασκευάστηκε στα τέλη του 12ου αιώνα. Κτήτορες του αρχικού ναού ήταν ο Ευστάθιος Κοδράτος και η σύζυγός του Ειρήνη Δούκαινα Πεπαγωμένη που ανήκαν στον κύκλο της αυλής της Κωνσταντινούπολης και διακόσμησαν τον ναό με τοιχογραφίες.
Διασώζεται ακόμα εντός του ναού τοιχογραφικός διάκοσμος άλλων πέντε διαφορετικών εποχών (αρχές 14ου αι., 15ου αι., 16ου αι.,18ου αι., και 19ου αι.).
Με τον καταστροφικό σεισμό του 1881 κατέρρευσε το ημισφαιρικό τμήμα του τρούλου του κυρίως ναού καθώς και ο τρουλίσκος του νάρθηκα, οι οποίοι ανακατασκευάσθηκαν στην συνέχεια.
Ο ναός της Παναγίας Κρήνας ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο των «νησιώτικων» οκταγωνικών ναών και μιμείται σε περιορισμένο μέγεθος το καθολικό της Νέας Μονής.
Αποτελείται από τον κυρίως ναό, εσωνάρθηκα και τον ερειπωμένο σήμερα εξωνάρθηκα. Ο κυρίως ναός και ο εσωνάρθηκας είναι σύγχρονοι και κατασκευάστηκαν στα τέλη του 12ου αι., ενώ ο εξωνάρθηκας προστέθηκε πολύ αργότερα κατά τον 18ο αι. Στο μεγαλύτερο μέρος του, το εσωτερικό καλύπτεται από τοιχογραφίες του 12ου αι.
Κατά το 1968 στερεώθηκε και επισκευάστηκε η στέγη, ενώ το 1983 έγιναν στερεωτικές εργασίες στον δυτικό τοίχο του εξωνάρθηκα και επί μέρους εργασίες στην στέγη του ναού. Τα έτη 1988 και 1995 πραγματοποιήθηκαν διερευνητικές τομές στα θεμέλια του ανατολικού τμήματος του ναού. Από το 1981 έως το 1984 αποτοιχίσθηκαν οι μεταγενέστερες φάσεις τοιχογραφιών που κάλυπταν όλο το εσωτερικό και αποκαλύφθηκε η αρχική φάση του 12ου αι. Τμήμα των αποτοιχισμένων τοιχογραφιών έχει συντηρηθεί (μερικές εκτίθενται), ενώ στις υπόλοιπες συνεχίζεται η συντήρηση.
Αποτοιχισμένες τοιχογραφίες δώδεκα προφητών που ανήκουν στην δεύτερη φάση διακόσμησης βυζαντινής εποχής του ναού (14ου αι.) εκτίθενται στο Βυζαντινό Μουσείο Χίου (Μετζητιέ Τζαμί). Ακόμη, στο Βυζαντινό Μουσείο Χίου εκτίθενται αποτοιχισμένες τοιχογραφίες, οι οποίες προέρχονται από την τοιχογράφηση του ναού που έγινε το έτος 1734 από το ζωγράφο Μιχαήλ Χωματζά.
Πηγή βίντεο: chiosphotos.gr