Η κοινοβιακή Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρος ιδρύθηκε το 1961 από τον μακαριστό Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης (την εποχή εκείνη η Μητρόπολη Θεσσαλονίκης ήταν ενιαία) Παντελεήμονα τον Α” (Παπαγεωργίου), ο οποίος και εγκαινίασε τον Ιερό Ναό της Μονής το 1962.
Τα πρώτα χρόνια στο χώρο του Μοναστηριού λειτουργούσαν οι μαθητικές κατασκηνώσεις της Ιεράς Μητροπόλεως Θεσσαλονίκης.
Αξίζει να σημειωθεί ότι στον τόπο αυτό, τον ιστορικό Χορτιάτη -τον Κισσό των Βυζαντινών- υπήρχε ένα μεγάλο μοναστικό κέντρο, πιθανότατα μετόχι της Μονής Χριστού Παντοκράτορος της Κωνσταντινουπόλεως, όπου έζησαν και αγίασαν ανώνυμοι άγιοι. Το μοναστικό αυτό κέντρο έπαψε να υπάρχει στα τέλη του 14ου αιώνα.
Πέντε αιώνες αργότερα, στον ίδιο περίπου τόπο, έμελλε να ιδρυθεί πάλι ένα νέο Μοναστήρι, αυτό της θείας Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Χριστού, το οποίο το 1976, δεκαπέντε χρόνια μετά την ίδρυση του, μετατρέπεται από ανδρικό σε γυναικείο.
Σταθμό στην ιστορική διαδρομή της Ιεράς Μονής αποτέλεσε η απόφαση, το 1979, της Ιεράς Συνόδου, σύμφωνα με την οποία το Μοναστήρι περιερχόταν στην πνευματική δικαιοδοσία της (νεοσύστατης τότε) Ιεράς Μητροπόλεως Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως.
Ακολουθεί μια εικοσαετία, που, όπως την περιγράφει ο τότε Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως Διονύσιος κατά την ομιλία του στα εγκαίνια του νέου Καθολικού της Μονής στις 5 Σεπτεμβρίου 1999, ήταν γεμάτη «κόπους, αγωνίες, προσευχές, παρακλήσεις, δυσκολίες, αλλά και ευλογίες του Θεού».
Ανάμεσα στις δοκιμασίες του Μοναστηριού ήταν ο σεισμός του 1978 και η μεγάλη πυρκαγιά του 1999, που κατέστρεψε ολοσχερώς το Ηγουμενείο με τη Βιβλιοθήκη, το Αρχείο της Ιεράς Μονής (με μόνη εξαίρεση την πρώτη σελίδα του μοναχολογίου και ελάχιστα πρακτικά του ηγουμενοσυμβουλίου), τις αργυρές λειψανοθήκες, -χωρίς όμως να καούν τα ιερά λείψανα!-, το Παρεκκλήσιο της Αγίας Τριάδος, κελιά και κοινόχρηστους χώρους.
Σήμερα
Σήμερα η Αδελφότητα της Ιεράς Μονής αποτελείται από δώδεκα μοναχές υπό την ηγουμενία της Χριστοδούλης μοναχής, οι οποίες εκτός από την πνευματική άσκηση διακρίνονται και στις ιερές τέχνες, όπως η χρυσοκεντητική, η αγιογραφία και διάφορα χειροτεχνήματα.
Ιερά Λείψανα
Στο μοναστήρι θησαυρίζονται ιερά λείψανα των Αγίων: Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης, Μηνά, Βαρβάρας, Μαρίνης, Παρασκευής, Γεωργίου Χοζεβίτου, Νεκταρίου και Παντελεήμονος.
Πανήγυρις
Η Ιερά Μονή πανηγυρίζει την εορτή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος και τα Εισόδια της Θεοτόκου, στα οποία είναι αφιερωμένο το Καθολικό της, καθώς και τη Λαμπροτρίτη, προς τιμήν των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης. Μικρότερες πανηγύρεις (με αγρυπνίες) τελούνται κατά την εορτή των Ιερών Παρεκκλησίων της Αγίας Τριάδος, του Αγίου Διονυσίου του εν Ολύμπω και των Αγίων Αρχαγγέλων.
Παναγία η Χορταΐτισσα
Η εικόνα της Παναγίας της Οδηγήτριας, της επονομαζόμενης Χορτα’ίτισσας, ήταν η εφέστιος εικόνα ομώνυμης Ιεράς Μονής στήν περιοχή του Χορταΐτου (Χορτιάτη).
Η ύπαρξη της μονής του Χορταΐτου μαρτυρείται σε βυζαντινές πηγές από τον 11ο αιώνα. Η ακριβής χρονολογία της ιδρύσεως της είναι άγνωστη. Σε μοναστηριακά έγγραφα του Αγίου Όρους αναφέρεται ως βασιλική με πολλά κτήματα στην κατοχή της και με μετόχι στην πόλη της Θεσσαλονίκης. Στα ίδια έγγραφα μαρτυρείται ότι ιδρύθηκε από κάποιον βυζαντινό αυτοκράτορα, άγνωστο ποιον, και ότι ήταν αφιερωμένη στη Θεοτόκο.
Από το σημαντικό αυτό ιστορικό μνημείο σήμερα σώζονται υπολείμματα τοιχοδομιών, πιθανόν του περιβόλου της μονής του Χορταΐτου κατά τα χρόνια της τουρκοκρατίας και υπολείμματα, πιθανόν της ίδιας της μονής, τα οποία βρίσκονται διασκορπισμένα μέσα στην αυλή του δημοτικού σχολείου Χορτιάτη και στον περιβάλλοντα χώρο (Υδρόμυλος, υδρομάστιγγες κ.ά.). Ο προγενέστερος βυζαντινός περίβολος, -συμφωνά με πληροφορίες κατείχε την ίδια θέση μ” αυτήν που έχουν σήμερα τα σωζόμενα υπολείμματα του περιβόλου της μονής- καθώς και η ίδια η μονή του Χορταΐτου καταστράφηκαν ολοσχερώς το 1424, όταν ο Μουράτ ο Β” ισοπέδωσε κυριολεκτικά τόσο τη μονή όσο και τη γΰρω περιοχή.
Πέντε αιώνες αργότερα, στον ίδιο περίπου τόπο, έμελλε να ιδρυθεί πάλι ένα νέο Μοναστήρι, αυτό της θείας Μεταμορφώσεως του Σοοτήρος Χρίστου, το οποίο το 1976, δεκαπέντε χρόνια μετά την ίδρυση του, μετατρέπεται από ανδρικό σε γυναικείο.
Μετά τήν καταστροφή της Μονής, διασωθείσα άγνωστο πώς, η εικόνα της Παναγίας της Χορταΐτισσας εφυλάχθη επί αιώνες στον Ενοριακό Ναό του Αγίου Γεωργίου Χορτιάτη, απ” όπου στις 22 Οκτωβρίου του 2013 την μετέφερε και την εγκατέστησε στην Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Χορτιάτη ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος πρός διηνεκή ευλογία και αγιασμό των μοναζουσών και των ευλαβών προσκυνητών. Η λατρευτική τιμή και η λιτάνευση της εικόνας καθιερώθηκε να τελείται κάθε Κυριακή του Θωμά.