Το όνομα της σύμφωνα με μία από τις τρεις εκδοχές οφείλεται στο θαύμα της εικόνας της Παναγίας, η οποία έλαμπε και σκορπούσε φως «φοινικούν», δηλαδή κόκκινο, όπως η πορφυρά των Φοινίκων. Απ’ αυτό προέρχεται και η ονομασία: Εικών φοινίσσουσα – Εικών φοίνισσα – Εικοσιφοίνισσα.
Η Μονή Παναγίας Εικοσιφοίνισσας, ιδίως στην περίοδο της Τουρκοκρατίας, πρόσφερε πάρα πολλά για τη διατήρηση της Ορθοδοξίας και του Ελληνισμού στην Ανατολική Μακεδονία και Θράκη, ώστε δίκαια προκάλεσε την οργή, αρχικά των Τούρκων και κατόπιν των Βουλγάρων. Αντιμετώπισε επανειλημμένα καταστροφικές επιδρομές και ανέδειξε πλήθος μαρτύρων. Η Μονή είχε γίνει πνευματικό και εθνικό κέντρο της Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης. Εδώ, ήρθε από τις Σέρρες, ο Εμμανουήλ Παπάς, όρκισε τους οπλίτες του και κήρυξε την Επανάσταση στη Μακεδονία.
Όπως αναφέρει το ΑΠΕ, στη μονή λειτουργούσε η περίφημη Ελληνική Σχολή. Ιδιαίτερα αξιόλογη ήταν η Βιβλιοθήκη της Εικοσιφοίνισσας. Πριν τη λεηλασία της από τους Βουλγάρους, το 1917, περιελάμβανε 1300 τόμους βιβλίων. Ορισμένα χειρόγραφα ήταν μεγάλης αξίας. Κατά τους αιώνες της ακμής, επισκευάσθηκαν και ανεγέρθηκαν πολλά κτίσματα της μονής.
Το 1854 πυρκαγιά αποτέφρωσε τη δυτική πλευρά και μέρος της βόρειας, ενώ το 1864 επιδημία χολέρας αποδεκάτισε τους Μοναχούς. Για την ανόρθωση της Εικοσιφοίνισσας φρόντισε ιδιαίτερα ο μακαριστός μητροπολίτης Δράμας.
