Οι ρίζες του μοναστηριού φτάνουν βαθειά μέσα στο χρόνο. Ο μακαριστός μητροπολίτης Ταλαντίου Νεόφυτος Μεταξάς, ως βιογράφος του οσίου Σεραφείμ Δομβοΐτου, αναφέρει ότι ο όσιος, ο οποίος καταγόταν από το Ζέλι, έζησε στο μοναστήρι των Αγίων Αναργύρων ένα εξάμηνο κατά το έτος 1550. Από τη πληροφορία αυτή συμπεραίνουμε ότι το μοναστήρι είχε χτιστεί πριν από το έτος εκείνο. Επίσης, υπάρχει παράδοση ότι κατά τον 16ο αιώνα έζησε στο μοναστήρι για λίγους μήνες ο όσιος Δαϋιδ, ο επιλεγόμενος Γέρων, καταγόμενος τη Γαρδινίτσα (σημέρινο Κυπαρίσσι), και ιδρυτής της Ιεράς Μονής στη Λίμνη Ευβοίας.
Κατά τους χρόνους της Τουρκοκρατίας το μοναστήρι των Αγίων Αναργύρων υπήρξε καταφύγιο προστασίας και αγαθοεργίας για τους χριστιανούς της περιοχής και μάλιστα φιλοξένησε και περιέθαλψε αγωνιστές της πίστεως και της πατρίδας.
Όταν 1.500 αγωνιστές Θεσσαλομακεδόνες, οι οποίοι είχαν στρατολογηθεί από τον Ιωάννη Κωλέττη, υπό την αρχηγία του Γέρου Καρατάσου και του Αγγελή Γάτσου, αποβιβάστηκαν στις 5 Νοεμβρίου 1826 στο Ταλαντονήσι για να επιτεθούν και να απελευθερώσουν το Ταλάντι, δύο αξιωματικοί του στρατηγού Γιωργάκη Δυοβουνιώτη με 150 οπλοφόρους κατέλαβαν τη θέση του μοναστηριού των Αγίων Αναργύρων Αταλάντης και ο φιλέλληνας Γάλλος αξιωματικός Βουτιέ με τους 80 άνδρες του κατέλαβε το μοναστήρι Βίλεβλον ή Βιλίοβου ή Βολιβούς, το σημερινό μοναστήρι της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Λιβανατών. Επακολούθησε σφοδρή και φονική μάχη επιτυχής για τους Έλληνες αγωνιστές, μέχρι που εμφανίστηκε από τη Λιβαδειά ο Μουστάμπεης με 500 περίπου άνδρες, οπότε ο Γάτσος κατέφυγε σε παλιά ερειπωμένη εκκλησία, κατ’ άλλους δε στο μοναστήρι των Αγίων Αναργύρων, από όπου απελευθερώθηκε από το σώμα του Καρατάσου.
Παρότι το μοναστήρι προσέφερε βοήθεια και προστασία στα δύσκολα χρόνια της σκλαβιάς, το 1833 υπέστη το “θάνατο” του από το γνωστό Βασιλικό Διάταγμα περί διαλύσεως των Ιερών Μονών της Εκκλησίας της Ελλάδος (29-9-1833). Οι ελάχιστοι μοναχοί με τον Ηγούμενο Δομέτιο αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν τη Μονή. Το 1838 επτά μοναχοί των διαλυμένων Ιερών Μονών της Λοκρίδος με τη βοήθεια των ευλαβών κατοίκων της πόλεως της Αταλάντης, προσπάθησαν με ποικίλες ενέργειες και διαβήματα προς την κυβέρνηση να επιτύχουν την επαναλειτουργία της Μονής, αλλά χωρίς θετικό αποτέλεσμα. Παρόμοιες προσπάθειες έγιναν και το έτος 1845 αλλά και πάλι παρέμειναν άκαρπες.
Αυτό όμως, που δυνάμωσε την πίστη των κατοίκων της Αταλάντης και των γύρω πόλεων και χωριών στη χάρη και τη θαυματουργό δύναμη των Αγίων Αναργύρων ήταν το θαύμα που έκαναν οι Άγιοι το έτος 1918 και έσωσαν τους κατοίκους της Αταλάντης από θανατηφόρο γρίπη.
Η παράδοση που παραδίδεται από τους γονείς στα παιδιά και αυτά στα εγγόνια, λέει:
Η Αικατερίνη, σύζυγος του Κωνσταντίνου Τρικαλιώτη, ο οποίος ήταν χρόνια επίτροπος στην εκκλησία των Αγίων Θεοδώρων Αταλάντης, ονειρεύτηκε στον ύπνο της τους Αγίους Αναργύρους και το πρωί είπε στον άνδρα της, να φέρουν την εικόνα των αγίων στην Αταλάντη για να σταματήσει το κακό που γινόταν στην πόλη από τη γρίπη.
Η γρίπη αυτή είχε φέρει μεγάλο θανατικό. Καθημερινά πέθαιναν άνθρωποι. Σε μία μέρα οι πεθαμένοι έφθασαν τους ένδεκα.
Οι Αταλαντινοί ζήτησαν τη χάρη των Αγίων Αναργύρων να κάνουν το θαύμα τους.
Στις 12 Νοεμβρίου πλήθος κόσμου ανέβηκε στο μοναστήρι, πήρε την αγία εικόνα κρατώντας την στα χέρια και οδοιπορώντας από μονοπάτι σε μονοπάτι, την έφεραν στην Αταλάντη.
Με το χτύπημα της καμπάνας που σήμανε τον ερχομό της εικόνας στην πόλη, πέθανε ο τελευταίος, η κορούλα Αφροδίτη Ευστ. Σχοινή, ετών δεκατεσσάρων και το κακό σταμάτησε.
Από τότε, συνεχώς και κάθε χρόνο στις 12 Νοεμβρίου οι Αταλαντινοί φέρουν την αγία εικόνα στην πόλη τους, κρατώντας την στα χέρια με συνοδεία πλήθους χριστιανών. Την επόμενη μέρα γίνεται η πάνδημος λιτάνευσή της, παραμένει από πέντε ως οκτώ μέρες για προσκύνημα στο ναό των Αγίων Θεοδώρων και μετά επιστρέφει με συνοδεία μονάζουσων και λαϊκών χριστιανών, σε πομπή, στο μοναστήρι των Αγίων Αναργύρων.
Κατά το διάστημα των 170 χρόνων, που η Μονή ήταν διαλυμένη, φιλοξενήθηκαν στους χώρους της διάφορες οικογένειες. Από το 1922-1955 έζησαν οικογένειες προσφύγων από την Πέργαμο της Μικράς Ασίας.
Τον Σεπτέμβριο του 2000 ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Φθιώτιδος κ. Νικόλαος εξήγγειλε στους κατοίκους της πόλεως την χαρμόσυνη είδηση της ανασυστάσεως και της λειτουργίας της Ιεράς Μονής. Την Κυριακή 19 Νοεμβρίου 2000, στις 5 μ.μ., τέλεσε την κουρά και την εγκατάσταση της ηγουμένης Φιλοθέης μοναχής. Μετά την εγκατάσταση της νέας αδελφότητας, ο Μητροπολίτης κ. Νικόλαος με ιδιαίτερη αγάπη και φροντίδα κατέβαλε γρήγορες προσπάθειες και πέτυχε την επανίδρυση της Μονής με Προεδρικό Διάταγμα στις 19 Σεπτεμβρίου 2001 (ΦΕΚ 206Α).
Το νέο κοινόβιο μαζί με το πνευματικό έργο της σωτηρίας των ψυχών κοπιάζει στο έργο της αναπαλαιώσεως, αναστηλώσεως και επεκτάσεως του ερειπωμένου μοναστηριού. Στα πλαίσια αυτού του έργου, με τη χάρη του Θεού, ολοκληρώθηκε η ανοικοδόμηση του παρεκκλησίου της Μονής, το οποίο είναι αφιερωμένο στη Παναγία Φοβερά Προστασία.
Η μνήμη των Αγίων Αναργύρων στο μοναστήρι της Αταλάντης τιμάται τρεις φορές το χρόνο, την 1η Ιουλίου, την 1η Νοεμβρίου, και την 12 Νοεμβρίου.