Ήταν 16 Μαΐου του 1651 όταν οι Γενίτσαροι στραγγαλίζουν τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Παρθένιο Β’ και πετούν τη σορό του στη θάλασσα. Όπως έγινε γνωστό μετέπειτα, ο Σουλτάνος υποψιαζόταν ότι ο Παρθένιος είχε μυστικές επαφές με τους Ρώσους.
Ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Παρθένιος Β’ καταγόταν από τα Ιωάννινα της Ηπείρου. Ιερομόναχος και κατόπιν Μητροπολίτης Ιωαννίνων, με ενέργειες του πνευματικού του πατέρα Παρθενίου A’ ανέλαβε την Μητρόπολη Αδριανουπόλεως (1639-1644). Ζώντας κυρίως στην Κωνσταντινούπολη και ως μέλος της Ενδημούσης Συνόδου συνδέθηκε με τους οπαδούς του Λούκαρι και ιδίως με τον ηγέτη τους Θεόφιλο Κορυδαλέα. Στις 8 Σεπτεμβρίου του 1644 εξελέγη Πατριάρχης υποστηριζόμενος από τους φιλολουκαρικούς.
Το 1645 προτρεπόμενος από τον πρεσβευτή της Ολλανδίας Κορνέλις Haga αποφάσισε να διανείμει αντίτυπα της μετάφρασης Κολλιπολίτη στην Κωνσταντινούπολη και τη Σμύρνη με συνέπεια τον ξεσηκωμό της φιλοπαπικής παρατάξεως επικεφαλής της όποιας ήταν ο Μελέτιος Συρίγος. Όταν ο τελευταίος αποδοκίμασε δημοσίως το ατόπημα αποδεικνύοντας τις συγκεκριμένες αιρετικές αποκλίσεις της μετάφρασης, ο Παρθένιος δεν την διένειμε, ωστόσο εξόρισε τον Μελέτιο στην Κίο κοντά στην Προύσα και ξεκίνησε εκστρατεία κατά των φιλοπαπικών.
Τον Νοέμβριο του 1646 οι αντίπαλοι του κατόρθωσαν να τον καθαιρέσουν και εξορίσουν στην Κύπρο. Ταξιδεύοντας προς τον τόπο της εξορίας του κατόρθωσε να δραπετεύσει και διέφυγε στο Ιάσιο, στον ηγεμόνα Ιωάννη Βασιλικό, όπου και παρέμεινε δυό χρόνια. Στις 29 Οκτωβρίου 1648 επανεξελέγη Πατριάρχης. Στα τρία χρόνια της δεύτερης Πατριαρχείας του μετέβαλε πολιτική. Εν μέρει για να προσεγγίσει τους φιλοπαπικούς και εν μέρει για να ενισχύσει τα οικονομικά του Πατριαρχείου στράφηκε εναντίον των καλβινιστών ενώ το 1649 ζήτησε εγγράφως την συνδρομή του Αυτοκράτορα Φερδινάνδου Γ΄ στον αγώνα εναντίον τους και συνεργάστηκε με τους πρεσβευτές του στην Κωνσταντινούπολη. Έχοντας τελικά πλήθος εχθρών και στις δύο αντιμαχόμενες πλευρές βρέθηκε ανίσχυρος. Την Άνοιξη του 1651 οι Ιησουίτες με την υποστήριξη των ηγεμόνων Βλαχίας Ματθαίου και Μολδαβίας Βασιλείου Αρβανίτη τον διέβαλαν στον σουλτάνο για συνεννοήσεις με τους Ρώσους και επαναστατικές διαθέσεις. Στις 16 Μαΐου συνελήφθη από ομάδα Γενιτσάρων οι όποιοι τον στραγγάλισαν και πέταξαν το σώμα του στη θάλασσα. Οι χριστιανοί περισυνέλεξαν το λείψανο του Πατριάρχη και το έθαψαν στην Μονή Καμαριώτισσας στη Χάλκη.