Στις 17 Ιουνίου 1944, ημέρα Σάββατο, γράφτηκε ίσως η πιο μελανή σελίδα στην νεότερη ιστορία της Υπάτης. Οι δυνάμεις κατοχής των Γερμανών, για να εκδικηθούν την Υπάτη, που ήταν ορμητήριο των ανταρτών του Ε.Λ.Α.Σ., πυρπολούν, λεηλατούν και εκτελούν αμάχους και πατριώτες.
Στρατιωτικά τμήματα των δυνάμεων κατοχής της κεντρικής Γερμανικής διοίκησης Λαμίας επιτέθηκαν στην Υπάτη.
Εκτελέστηκαν 28 άτομα, τραυματίστηκαν 30, καταστράφηκαν τα 375 από τα 400 σπίτια της πόλης, βυζαντινές εκκλησίες και ιστορικά αρχοντικά.
Για την προσφορά της στην Εθνική Αντίσταση, που κορυφώθηκε με το ολοκαύτωμα αλλά και την εκτέλεση των Υπαταίων Πατριωτών μετά την ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοποτάμου, από τους Ιταλούς, η Υπάτη ανακηρύχθηκε Μαρτυρική Πόλη.
Υπαταίοι μάρτυρες της Κατοχής
Η Υπάτη πυρπολήθηκε τρεις φορές από τους Γερμανούς και βομβαρδίστηκε με πυροβολικό αρκετές.
Οι ημερομηνίες των πυρπολήσεων:
17 Ιουνίου 1944
10 Αυγούστου 1944
12 Οκτωβρίου 1944
Ο γραμματέας της τότε κοινότητας Υπάτης, Περικλής Ευθ. Ευθιμιόπουλος, που πέθανε στην Τασκένδη, σε πρόχειρη σημείωσή του γράφει λακωνικά:
«Επυρπολήθηκαν άπασαι αι οικίαι, καταστήματα και λοιπαί οικοδομαί. Απέμειναν όρθια περί τα 25 σπίτια. Ανετινάχθη η Εκκλησία του Αγίου Γεωργίου. Άπαντα τα Δημόσια και κοινοτικά κτίρια και Σχολεία κατεστράφησαν. «‘Επί το ερείπιον» εστάθη η ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ! Αυτή όπλισε τους απλοϊκούς ανθρώπους της και έστησαν στο ξέφωτο μετερίζι της φυλής το χορό της ψυχικής Αντίστασης, που τελικά νίκησε τις χιτλερικές δυνάμεις».
Στις 1 Δεκεμβρίου 1942, δέκα κάτοικοι της Υπάτης εκτελέστηκαν στα ερείπια της γέφυρας του Γοργοποτάμου, ως αντίποινα από τους Γερμανούς για την ανατίναξή της.
Στις 5 Δεκεμβρίου 1942 άλλοι έξι Υπαταίοι εκτελέστηκαν στα Καστέλλια Φωκίδος από τους Ιταλούς.
