Ο Ναός ανήκει στο Πανεπιστήμιο Αθηνών από το 1932. Τη διοικητική εποπτεία έχει η Εφορεία του Ιερού Ναού, η οποία αποτελείται από Καθηγητές της Θεολογικής Σχολής του Ε.Κ.Π.Α. με πρόεδρο τον εκάστοτε Κοσμήτορα της Σχολής.
Πρόκειται για Βυζαντινό Ναό, το αρχικό κτίσμα του οποίου είναι ο σταυροειδής Ναός μετά τρούλλου, ο οποίος στηρίζεται σε τέσσερεις κίονες με ρωμαϊκά κιονόκρανα. Κτίσθηκε τον 11ο αιώνα προς τιμή της Θεοτόκου και σε ανάμνηση της Εισόδου της στο Ναό του Κυρίου. Αργότερα στη βόρεια πλευρά του Ναού προστέθηκε παρεκκλήσι με τρούλλο, το οποίο τώρα τιμά τη μνήμη της Αγίας Βαρβάρας. Ακόμη βραδύτερα στα δυτικά προστέθηκε εξωνάρθηκας με πολλές αμφικλινείς στέγες και τέσσερα μεγάλα ανοίγματα, τα οποία χωρίζονταν με κίονες. Στη νότια πλευρά του νάρθηκα υπάρχει μικρό πρόστοο, το οποίο στηρίζεται σε δύο κίονες, πάνω δε από τη θύρα υπάρχει τόξο σε σχήμα πετάλου. Στη δυτική πλευρά είναι εντοιχισμένα γλυπτά και επιγραφές, η δε εικόνα της Πλατυτέρας στο Ιερό του Ναού είναι έργο του Φώτη Κόντογλου. Εξωτερικώς έχει την επιμελή πλινθοπερίκλειστη τοιχοδομία των Αθηναϊκών Ναών, καθώς και τις οδοντωτές ταινίες. Το ψηφιδωτό, το οποίο βρίσκεται πάνω από την είσοδο του Ναού, είναι νεώτερη κατασκευή.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας ονομαζόταν εκκλησία της Βασιλοπούλας και του Πρέντζα. Το 1834 ο Ναός κινδύνευσε να ρυμοτομηθεί, αλλά σώθηκε με την επέμβαση του πατέρα του βασιλέα Όθωνα, Λουδοβίκου της Βαυαρίας.
Καπνικαρέα ονομάστηκε κατά μία άποψη από αυτόν που έκτισε το Ναό εισπράττοντας τον καπνικό φόρο (είδος φόρου των οικοδομών στα χρόνια του Βυζαντίου). Παλαιότερα ονομαζόταν Καμουχαρέα από τη λέξη Καμουχά, με την οποία στα χρόνια του Βυζαντίου ονόμαζαν τα χρυσοΰφαντα υφάσματα, πιθανώς γιατί βρισκόταν κοντά σε εργαστήρια τέτοιων υφασμάτων.