Στρατιωτικός, λόγιος και αρχηγός της Φιλικής Εταιρείας. Γεννήθηκε την 1η Δεκεμβρίου του 1792 στην Κωνσταντινούπολη και ήταν πρωτότοκος γιος του Κωνσταντίνου Υψηλάντη. Ανατράφηκε σε περιβάλλον που διαπνεόταν από έντονο πατριωτισμό κι έλαβε εκλεκτή μόρφωση.
Στην Πετρούπολη, όπου ακολούθησε τον πατέρα του, φοίτησε στη Σχολή του Σώματος των Βασιλικών Ακολούθων και στη συνέχεια υπηρέτησε στα σώματα της αυτοκρατορικής φρουράς. Διακρίθηκε στους πολέμους κατά του Ναπολέοντα, ενώ στη μάχη της Δρέσδης, στις 27 Αυγούστου 1813, έχασε το δεξί του χέρι.
Τον Μάρτιο του 1820 ο Εμμανουήλ Ξάνθος του πρόσφερε την αρχηγία της Φιλικής Εταιρείας. Την αποδέχθηκε στις 12 Απριλίου, αφού πρώτα έγιναν δεκτοί οι όροι που έθεσε, και αμέσως άρχισε την οργάνωση του σχεδίου για την έναρξη της Επανάστασης από την Πελοπόννησο.
Όμως, με την ενθάρρυνση του Ιωάννη Καποδίστρια πείσθηκε ότι έπρεπε να επισπεύσει την προπαρασκευή της και τον Ιούνιο του 1820 εγκαταστάθηκε στη Οδησσό. Πέρασε τον ποταμό Προύθο στις 22 Φεβρουαρίου 1821 και δύο μέρες αργότερα ύψωσε τελικά τη σημαία της Επανάστασης στις παραδουνάβιες ηγεμονίες και συγκεκριμένα στο Ιάσιο της Μολδοβλαχίας, όπου απαγορευόταν η παραμονή του τουρκικού στρατού.
Με επιστολή του στον αυτοκράτορα Αλέξανδρο υπέβαλε την παραίτησή του από το ρωσικό στρατό και αναγγέλλοντας την Ελληνική Επανάσταση ζήτησε την αρωγή του. Αμέσως μετά επιδόθηκε στη δημιουργία στρατού και συγκρότησε τον Ιερό Λόχο.
Στις 7 Ιουνίου 1821 ο στρατός του Υψηλάντη καταστράφηκε στη μάχη του Δραγατσανίου και υποχώρησε προς τα αυστριακά σύνορα. Παραδόθηκε στους Αυστριακούς, φυλακίστηκε και απελευθερώθηκε στις 24 Νοεμβρίου 1827. Η κλονισμένη υγεία του δεν του επέτρεψε να βοηθήσει το επαναστατημένο έθνος.
Πέθανε στη Βιέννη δύο μήνες μετά την αποφυλάκισή του, στις 19 Ιανουαρίου του 1828.