Ο Χρυσόστομος αρνήθηκε να εγκαταλείψει την πόλη και το ποίμνιό του και ο φανατισμένος τουρκικός όχλος τον λιντσάρισε, τον σφαγίασε, τον διαμέλισε και στο τέλος κρέμασε ό,τι είχε απομείνει από το άψυχο κορμί του.
Γεννήθηκε στην Τρίγλια της Μικράς Ασίας. Την περίοδο 1902-1910 διετέλεσε Μητροπολίτης Δράμας με σημαντική δράση στον Μακεδονικό Αγώνα. Η Εκκλησία μας τον ανακήρυξε Άγιο. H μνήμη του εορτάζεται την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού.
Ο τραγικός επίλογος
Το βράδυ της αποφράδας 27ης Αυγούστου 1922 γράφονταν ο τραγικός επίλογος μιας εκ των δραματικοτέρων σελίδων της ελληνικής ιστορίας. Και σε τούτη, την αλήστου μνήμης έκφανση του ιστορικού μας γίγνεσθαι, ο κλήρος – αναπόσπαστο κομμάτι του ελληνικού λαού – δεν μπορούσε παρά να έχει, την δική του συνδρομή. Με τον μαρτυρικό θάνατο του ακατάβλητου πατριώτη Μητροπολίτη Σμύρνης Χρυσόστομου Καλαφάτη, αφού προηγήθηκε η διαπόμπευσή του απο το φανατισμένο τουρκικό πλήθος, η Σμύρνη και μαζί της ολόκληρος ο ελληνισμός της Ιωνίας, παραδίδονταν στην θηριωδία των κεμαλικών στρατευμάτων υπο τον βαλή Νουρεντίν μπέη.
Ο γνωστός Έλληνας λογοτέχνης και ακαδημαϊκός Ηλίας Βενέζης, ο οποίος έζησε τη λαίλαπα της Μικρασιατικής Καταστροφής, στο βιβλίο του «Μικρασία Χαίρε» γράφει για τον Σμύρνης Χρυσόστομο: «Η δράση του στον καιρό του Πρώτου Παγκοσμίου Πολέμου, στον καιρό των διωγμών των Ελλήνων της Μικράς Ασίας, και στη διετία 1920-22 , τον είχε αναδείξει πρώτο στόχο. Αυτός ήταν ο ηγέτης, ο εθνάρχης, η ψυχή της Ελληνικής Μικρασίας».
Ο Βενέζης τονίζει ότι ο Χρυσόστομος με το βίο και το μαρτυρικό του τέλος «υπηρέτησε το Γένος και την Εκκλησία γράφοντας μια σελίδα χρυσή». Στις 9 Σεπτεμβρίου του 1922 (με το νέο ημερολόγιο, 27 Αυγούστου με το παλιό) ο Νουρεντίν Πασάς του απήγγειλε την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας και τον παρέδωσε στο πλήθος που είχε συγκεντρωθεί έξω από το διοικητήριο της Σμύρνης. Ιδιαίτερα αποκαλυπτική είναι η εξιστόρηση των γεγονότων από τον Τούρκο καθηγητή Βilge Umar που στηρίζεται σε μαρτυρίες ανθρώπων, οι οποίοι διαδραμάτισαν σημαντικό ρόλο στη δολοφονία του Χρυσόστομου όπως αυτή του δήμιου Αli Αge , στον οποίο τον παρέδωσε ο Νουρεντίν.
Σύμφωνα με τον Ουμάρ, ο Νουρεντίν επέλεξε να απαλλαγεί το συντομότερο από τον Χρυσόστομο, επειδή ήθελε να αποφύγει τη διαδικασία μιας δίκης που θα έδινε τη δυνατότητα σε ευρωπαϊκές χώρες να παρέμβουν για να αποτραπεί η καταδίκη του ιεράρχη…
Ο Γάλλος δημοσιογράφος και ιστορικός Rene Ρuaux, απεσταλμένος στη Σμύρνη της εφημερίδας «Le Τemps», στο βιβλίο του «Ο θάνατος της Σμύρνης» επιρρίπτει ευθύνη για το μαρτύριο του Χρυσόστομου στην τουρκική στρατιωτική και πολιτική ηγεσία. Γράφει μεταξύ άλλων:
«Ο στρατηγός Νουρεντίν πασάς, όταν τον έφεραν μπροστά του, τον εξύβρισε με αισχρό τρόπο και τον κατηγόρησε για τη φιλελληνική του στάση και πρόσθεσε ότι η επόμενη ενέργειά του ήταν να τον παραδώσει στη λαϊκή κρίση. Ο Χρυσόστομος, λοιπόν, παραδόθηκε στο μανιασμένο μουσουλμανικό όχλο. Του ξερίζωσαν τη γενειάδα, τον μαχαίρωσαν, διαμέλισαν και έσυραν το σώμα του μέχρι την τουρκική συνοικία, όπου και τον πέταξαν στα σκυλιά…».
Ο Ρuaux καταλήγει στο συμπέρασμα ότι η εκτέλεση του Χρυσοστόμου ήταν προαποφασισμένη. Ο τότε Αμερικανός πρόξενος στη Σμύρνη G. Ηorton στο βιβλίο του «Η κατάρα της Ασίας» γράφει για τον Χρυσόστομο: «Πέθανε σαν μάρτυρας και αξίζει να του απονεμηθούν ύψιστες τιμές από την Ελληνική Εκκλησία και την Ελληνική Κυβέρνηση…»