Οι Κατακόμβες της Μήλου είναι σύμπλεγμα τριών -κατά βάσιν- στοών γεμάτων με τάφους, που έχουν σκαφτεί στα πλευρά και το δάπεδο του υπόγειου αυτού ταφικού συγκροτήματος. Είναι το μεγάλο κοινοτικό νεκροταφείο των πρώτων χριστιανικών χρόνων στη Μήλο, σκαμμένο στον λόφο έξω από τα τείχη της αρχαίας πόλεως της Μήλου και κοντά στο χωριό Τρυπητή. Το χωριό ονομάστηκε έτσι, από τις πολλές τρύπες, δηλ. τα πολλά ταφικά σπήλαια της περιοχής, τόσον ελληνικά, όσο και ρωμαϊκά, αλλά και χριστιανικά, πολλά των οποίων χρησιμοποιήθηκαν και χρησιμοποιούνται ακόμη, από τους κατοίκους και ως κατοικίες ή βοηθητικοί χώροι.
Δείτε το βίντεο από την Αστική Σπηλαιολογία
Ο Γερμανός αρχαιολόγος Λουδοβίκος Ρος (Ross) που μελέτησε το μνημείο το 1843, τρία χρόνια μετά την
ανακάλυψή τους, έκρινε από διάφορες επιγραφές πως οι Κατακόμβες ανήκουν στον 2ο μ. Χ. αιώνα ίσως και στον 1ο. Χρησιμοποιήθηκαν σαν νεκροταφείο αλλά και σαν τόπος λατρείας από την αρχή που διαδόθηκε η νέα θρησκεία μέχρι τον 5ο αιώνα μ.Χ. Εκτείνονται σε 184 μέτρα μήκος, και αριθμούν 291 τάφους. Ο Ρος εκτιμά πως σε όλη την ευρύτερη περιοχή οι τάφοι ανέρχονται σε 1500-2000, και πως οι ταφές φτάνουν τις 8000. Κάποιοι άλλοι μιλάνε για νεκρόπολη 10.000 νεκρών.
Στις πλευρές των υπόγειων διαδρόμων, οι τάφοι έχουν την μορφή αρκοσολίων (Arcosolia) και σκεπαζόντουσαν με πλάκες που τώρα λείπουν διότι οι τάφοι έχουν συληθεί. Επίσης και στο δάπεδο έχουν σκαφτεί τάφοι, οι οποίοι για την ασφάλεια των επισκεπτών σκεπάστηκαν, τον τελευταίο καιρό, με χώμα. Στο κέντρο του θαλάμου «των Πρεσβυτέρων», της Β΄ Κατακόμβης, ο υπερυψωμένος τάφος, πιθανόν να ανήκει σε εξέχον πρόσωπο της χριστιανικής κοινωνίας. Χρησιμοποιήθηκε και για Αγία Τράπεζα (Mensa martyrum).
Στα τύμπανα των αρκοσολίων αλλά και μεταξύ των τάφων υπάρχουν κοιλώματα όπου τοποθετούσαν λυχνάρια. Φαίνονται ακόμη τα ίχνη καπνού. Επίσης διακρίνονται ίχνη διακοσμήσεων όπως χρωματιστές ταινίες και λουλούδια και χριστογράμματα και επιγραφές. Η υγρασία και ο χρόνος έχουν επιφέρει την καταστροφή των και λίγα πράγματα μπορεί κανείς να δεί σήμερα. Η σημαντικώτερη επιγραφή είναι εκείνη «των Πρεσβυτέρων», η οποία ακόμη και τώρα διαβάζεται εν μέρει. Την παραθέτομε όπως την διάβασε και αντέγραψε ο καθηγητής Λουδοβίκος Ρος:
«Εν Κυρίω. Οι πρεσβοίτεροι, οι πάσης μνήμης άξιοι Ασκλήπις και Ελπίζων κε Ασκλήπις κε Αγαλίασις διάκονος και Ευτυχία παρθενεύσασα κε Κλαυδιανή παρθενεύσασα και Ευτυχία η τούτων μήτηρ, ένθα κείντε. Και επί γέμι το θηκίον τούτο, ενορκίζω υμάς τον ώδε εφεστώτα άνγελον μη τις ποτε τολμή(ση) ενθάδε τινα καταθέσθε. Ιησού Χριστέ βοήθει τω γράψαντι πανοικί».
Τα ονόματα των πρώτων χριστιανών, που εμφανίζονται στις επιγραφές των Κατακομβών της Μήλου, ερμηνεύονται από τους ερευνητές ως ανήκοντα σε εκχριστιανισμένους Ιουδαίους. Η άποψη αυτή ενισχύεται από το γεγονός ότι σε μονόγραμμα του Χριστού, το σύμβολο Α-Ω (η Αρχή και το Τέλος), είναι γραμμένο ανάποδα, δηλαδή Ω-Α, πράγμα που εξηγείται μόνον εάν εγράφη από Ιουδαίο, αφού οι Ιουδαίοι γράφουν από δεξιά προς τα αριστερά. Εξ άλλου είναι γνωστόν ότι εις την Μήλο, είχαν συγκεντρωθεί πολλοί Ιουδαίοι που έκαναν εμπόριο των πολλών και χρησίμων από τότε, ορυκτών της Μήλου που εξορύσσοντο και μετεφέροντο σε όλη την αχανή Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία.Οι Κατακόμβες της Μήλου είναι το αρχαιότερο και το σημαντικότερο πρωτοχριστιανικό προσκύνημα στην Ελλάδα. Έχει κηρυχθεί από το 1936 διατηρητέο μνημείο. Εξ αιτίας της ύπαρξής του η Μήλος ανεκηρύχθη το 2009, Ιερά Νήσος.
