Όταν ο Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος αποκεφαλίστηκε από τον Ηρώδη, η Τιμία Κεφαλή του τοποθετήθηκε μέσα σε αγγείο από όστρακο όπου και το έκρυψαν στην κατοικία του Ηρώδη. Μετά από πολλά χρόνια, ο Άγιος Ιωάννης φανερώθηκε στο όνειρο δύο μοναχών, (οι οποίοι είχαν φύγει για τα Ιεροσόλυμα με σκοπό να προσκυνήσουν το τάφο του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού), λέγοντάς τους το σημείο όπου βρίσκεται η Τιμία Κεφαλή του.
Οι μοναχοί αυτοί αφού την βρήκαν, την παρέδωσαν σε κάποιον για να την μεταφέρει στην πόλη των Εμεσηνών. Όταν αυτός όμως πέθανε την κληροδότησε στην αδελφή του. Και από τότε διαδοχικά περιήλθε σε πολλούς, και κατέληξε στα χέρια κάποιου ιερομονάχου αρειανού που ονομαζόταν Ευστάθιος όπου έκρυψε την Τιμία Κεφαλή σε ένα σπήλαιο. Από εκεί, μεταφέρθηκε επί Ουάλεντος, στο Παντείχιον της Βιθυνίας ώσπου ο Θεοδόσιος ο Μέγας την ανεκόμισε στο Έβδομο της Κωνσταντινουπόλεως, όπου έχτισε μεγαλόπρεπη Ναό.
Η τρίτη εύρεση της κεφαλής του Προδρόμου (25 Μαϊου)
«Ως θείον θησαύρισμα, έγκεκρυμμένον τη γη, Χριστός απεκάλυψε, την Κεφαλήν σου ημίν, Προφήτα και Πρόδρομε· πάντες ουν συνελθόντες, εν τη ταύτη εύρέσει, άσμασι θεηγόροις, τον Σωτήρα ύμνούμεν, τον σώζοντα ημάς εκ φθοράς, ταις ίκεσίαις σου».
Ακολούθησε και τρίτη έυρεση της τιμίας κεφαλής του Βαπτιστή Ιωάννη, ενώ ήταν πολλά χρόνια κρυμμένη, τώρα φάνηκε μέσα στη γη, όπως διακρίνεται ό χρυσός από τα άλλα κοινά μέταλλα. Όμως, δεν ήταν κλεισμένη μέσα σε ειδική στάμνα όπως πρώτα, αλλά βρισκόταν μέσα σε άργυρό αγγείο και σε τόπο Ιερό. Ή εύρεση αυτή έγινε από τους ιερείς στα Κόμανα της Καππαδοκίας.
Από εκεί μετακόμισαν το Ιερό λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, όπου ή υποδοχή έγινε με μεγάλη επισημότητα. Ό τότε πιστότατος βασιλιάς και ό Πατριάρχης με όλο τον ορθόδοξο λαό, υποδέχθηκαν με πολλή χαρά την τιμία κεφαλή του Προδρόμου. Έπειτα, με ευλάβεια την προσκύνησαν και την τοποθέτησαν σε τόπο Ιερό. Έτσι, επαληθεύεται ό λόγος του ψαλμωδού Δαυίδ: «Φυλάσσει Κύριος πάντα τα οστά αυτών, εν εξ αυτών ου συντριβήσεται». Ό Κύριος, δηλαδή, φυλάσσει όλα τα οστά των δικαίων, και ούτε ένα από αυτά δε θα συντριβεί. (1. Ψαλμός λγ’ 21).
Οι άλλες παραδόσεις για την εύρεση της Τιμίας κεφαλής του Προδρόμου
Βέβαια περί της ευρέσεως της τιμίας κεφαλής του Προδρόμου υπάρχουν και άλλες αντιφατικές παραδόσεις. Κατά άλλη εκδοχή η τίμια κάρα ευρέθηκε στην Έμεσα το έτος 458 μ.Χ., επί βασιλέως Λέοντος Α (457-474 μ.Χ.), ενώ άλλοι δέχονται ότι αυτή ευρέθηκε το έτος 760 μ.Χ. και μεταφέρθηκε στο ναό του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου στην Έμεσα. Από εκεί μετακομίσθηκε στην Κωνσταντινούπολη, επί βασιλείας Μιχαήλ Γ (842-867 μ.Χ.) και πατριαρχίας Ιγνατίου.
Για τα ιερά λείψανα του Τιμίου Προδρόμου βρίσκουμε ειδήσεις και σε διάφορους χρονογράφους. Ο Ζωναράς αναφέρει ότι το έτος 968 μ.Χ. ο Νικηφόρος Φωκάς βρήκε στην Έδεσσα της Μεσοποταμίας «βόστρυχον του Βαπτιστού Ιωάννου αίματι περφυμένον», που μετακόμισε στην Κωνσταντινούπολη. Πέντε δε χρόνια νωρίτερα, κόμισε στην Κωνσταντινούπολη από τη Βέροια της Συρίας, περί τον Απρίλιο του έτους 963 μ.Χ., μέρος του ιματίου του Τιμίου Προδρόμου. Σύμφωνα με άλλη μαρτυρία ο Νικηφόρος Φωκάς βρήκε στην Κρήτη «το ένδυμα του Προφήτου εκ τριχών καμήλου τυγχάνον και περί τον τράχηλον ημαγμένον». Η Σύναξη της ευρέσεως της Τιμίας Κεφαλής του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου ετελείτο στο Προφητείο του, που βρισκόταν στην τοποθεσία την ονομαζόμενη Φωρακίου.