Η κρύπτη της Αγίας Φιλοθέης ανακαλύφθηκε τυχαία το 1934 κατά τη διαδικασία εξόρυξης της κοκκινόπετρας που προοριζόταν για το κτίσιμο των σπιτιών της περιοχής. Τότε είχε ακόμα τη μορφή σπηλιάς, αλλά σιγά – σιγά διαμορφώθηκε στο σημερινό εκκλησάκι που όλοι γνωρίζουμε. Η κρύπτη αυτή ήταν η αιτία να μετονομαστεί ο τότε οικισμός της Νέας Αλεξάνδρειας, σε Φιλοθέη. Η κρύπτη επικοινωνούσε, μέσω μιας υπόγειας σήραγγας, με το μετόχι της Καλογρέζας, που υπαγόταν στο Μοναστήρι των Αθηνών, δηλαδή του Αγ. Ανδρέου. Το μετόχι της Καλογρέζας βρισκόταν κοντά στην οδό Καποδιστρίου (απέναντι από το σημερινό Τένις Φιλοθέης) και το ίδρυσε η ίδια η Αγία Φιλοθέη σε κτήμα που της ανήκε, όπως και ο Λόφος της Κρύπτης.
Σ’ αυτό λοιπόν το ναΐδιο, που ήταν αφιερωμένο στα Εισόδια της Θεοτόκου και βρισκόταν στην άλλη άκρη της Κρύπτης, κατέφευγε η Αγία Φιλοθέη για να προσευχηθεί απερίσπαστη από τις απειλές των Τούρκων.
Από άλλους εικάζεται πως η κρύπτη ήταν μία φυσική σπηλιά, την οποία η Αγία Φιλοθέη είχε διαμορφώσει σε παρεκκλήσι όπου κατέφευγε. Λέγεται ότι την υπόγεια στοά την χρησιμοποιούσε η Φιλοθέη για να ξεφεύγει μαζί με τις καλόγριές της προς την άλλη μονή (ή και οπουδήποτε αλλού) κατά τις επιδρομές των Τούρκων…
Κοντά στην κρύπτη χτίστηκε η εκκλησία της Αγίας Φιλοθέης. Ένας στενός και μικρός διάδρομος είναι αυτό που βλέπει ο σημερινός επισκέπτης της κρύπτης. Ο χώρος κατόπιν διαμορφώθηκε και τελικά πήρε τη σημερινή του μορφή. Πρίν τα έργα υπήρχε μία καθοδική είσοδος /σπηλιά μέσα σε αυτήν που οδηγούσε προς τα κάτω…
Η Αγία Φιλοθέη, (κατά κόσμον Παρασκευή Μπενιζέλου, από την αρχοντική οικογένεια των γαιοκτημόνων Μπενιζέλων, ήταν μοναχή με σημαντική φιλανθρωπική και κοινωνική δράση κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας του 16ου αιώνα.
Γεννήθηκε το 1522, καταγόμενη από την αθηναϊκή αρχοντική οικογένεια γαιοκτημόνων, των Μπενιζέλων. Η Ρηγούλα ή Ρεβούλα (Παρασκευούλα), όπως ήταν το κοσμικό της όνομα, ήταν κόρη του Αγγέλου Μπενιζέλου και της Σηρίγης Παλαιολογίνας, γόνου της ιστορικής βυζαντινής οικογένειας.
Σε ηλικία 14 ετών οι γονείς της αποφάσισαν να την παντρέψουν με τον κατά πολύ μεγαλύτερό της Ανδρέα Χειλά, ο οποίος ανήκε σε αρχοντική οικογένεια της Αθήνας. Ήταν ένας γάμος ενάντια στη θέλησή της, που διήρκεσε τρία χρόνια, έπειτα η Ρεβούλα έμεινε χήρα. Στα 17 της χρόνια ήταν όμορφη, πάμπλουτη, καταγόμενη από δύο αρχοντικές και σημαντικές οικογένειες, μορφωμένη και ελεύθερη. Οι γονείς της την πίεζαν έντονα να συνάψει δεύτερο γάμο, όμως αυτή τη φορά η Ρεβούλα δεν εισάκουσε την επιθυμία των γονέων της, δηλώνοντας ότι επιθυμεί να ακολουθήσει ασκητική ζωή.
Επιδόθηκε σε φιλανθρωπικό έργο και δέκα χρόνια μετά το θάνατο των γονιών της εκάρη μοναχή με το όνομα Φιλοθέη. Βασική επιδίωξη της Φιλοθέης ήταν η τόνωση του ορθόδοξου ιδεώδους και η διατήρηση της ελληνικής συνείδησης.
Πέθανε έπειτα από βασανιστήρια Τούρκων το 1589. Έξω από το ναό της στην Καλογρέζα (Μαρούσι), στα δεξιά της εισόδου του σώζεται η κολώνα, όπου η Φιλοθέη δέθηκε και μαστιγώθηκε μέχρι θανάτου.