Στη βορειοανατολική ακμή των τειχών της μεσαιωνικής πόλης της Ρόδου και σε απόσταση μόλις 15μ. από αυτά βρίσκεται ο ενοριακός ναός του Αγίου Παντελεήμονος. Η εκκλησία οικοδομημένη πάνω στα κτιριακά κατάλοιπα παλαιότερης ανήκει σήμερα στον τύπο του ελεύθερου σταυρού χωρίς τρούλο. Στην πραγματικότητα, αποτελεί εξέλιξη μίας μονόχωρης καμαροσκέπαστης βασιλικής, στην οποία αργότερα προστέθηκαν βόρεια και νότια δύο ανισομερή και ανισοϋψή εγκάρσια, ως προς το υφιστάμενο κτίσμα, διαμερίσματα, αλλοιώνοντας την αρχική μορφή της. Πιθανόν η ύπαρξη τυφλών κογχών (αρκοσόλια;) στη δυτική κεραία να σχετίζεται με τη διάθεση να χρησιμοποιηθεί ο χώρος ως ταφικό παρεκκλήσιο επιφανούς ιπποτικού οίκου.
Μεταγενέστερη προσθήκη αποτελεί επίσης ο πρόναος στα δυτικά, επιβεβλημένος προφανώς από την ανάγκη κάλυψης του αυξημένου εκκλησιάσματος. Μεταξύ των τροποποιήσεων που πραγματοποιήθηκαν στο ναό είναι και η προσθήκη ημικυκλικής κόγχης άνωθεν του κεντρικού δυτικού θυρώματος, το οποίο στην αρχική του μορφή διέθεται μόνο διακόσμηση ροδίτικου πλοχμού, χαρακτηριστικού της ιπποτοκρατίας, που ακολουθούσε το ελλειπτικό τόξο του ανοίγματος.
Αξιοσημείωτη είναι η παρουσία προσκυνηταρίου στα δεξιά του ξυλόγλυπτου και επιχρυσωμένου τέμπλου που φιλοξενεί την εικόνα των μαρτύρων Αγίων Κλήμεντος και Αγαθαγγέλου, οι οποίοι πέρασαν από την Ρόδο και λειτούργησαν επί Επισκόπου Φωτεινού. Θεωρούνται προστάτες άγιοι των ιεροψαλτών της Ρόδου και των περιχώρων στη μνήμη των οποίων στις 23 Ιανουαρίου έκαστου έτους πραγματοποιείται Θεία Λειτουργία με την παρουσία όλων των ιεροψαλτών χοροστατούντος του μητροπολίτη Ρόδου κ.κ. Κυρίλλου.
Η αφιέρωση του ναού στον Άγιο Παντελεήμονα έχει τη δική της ιστορία και συνδέεται στενά με την παρακείμενη εκκλησία της Παναγίας της Νίκης. Σύμφωνα με τις πηγές, η νικηφόρα αντεπίθεση του 1480 κατά των Οθωμανών πολιορκητών συντελέστηκε την 27η Ιουλίου με θαυματουργική εμφάνιση της Παναγίας, η οποία εμψύχωσε τους πολιορκούμενους την ώρα της μάχης. Για την απόδοση τιμής στο γεγονός αυτό, ο Μεγάλος Μάγιστρος Pierre d’ Aubusson (1476-1503), με δικά του έξοδα αγόρασε τα κτίσματα της περιοχής δίπλα από το γκρεμισμένο τείχος του τομέα της Ιταλίας και ανήγειρε δύο ναούς. Ο πρώτος επ’ ονόματι της Θεοτόκου για την θαυματουργή παρέμβαση της και η δεύτερη αφιερωμένη στον Άγιο Παντελεήμονα, καθώς η ημέρα μνήμης του συνέπεσε με την ημερομηνία λύσης της πολιορκίας. Με τον τρόπο αυτό, ορθόδοξοι και καθολικοί θα μπορούσαν να τιμούν την ανάμνηση της νίκης τους στην ίδια θέση.
Ο ναός του Αγίου Παντελεήμονος δεν είχε μετατραπεί σε τζαμί, όπως συνέβη με την πλειονότητα των εκκλησιών της μεσαιωνικής πόλης. Αποδόθηκε στην ορθόδοξη λατρεία το 1947 και εγκαινιάσθηκε από τον Μητροπολίτη Ρόδου Τιμόθεο.
Παρεκκλήσια
Το νότιο σκέλος του σταυρικού ναού του Αγίου Παντελεήμονος έχει μετατραπεί σε παρεκκλήσιο επ’ ονόματι της Αγίας Αναστασίας της Ρωμαίας και του Αγίου Ερμολάου, δασκάλου και μυητή στη χριστιανοσύνη του Αγίου Παντελεήμονος.
Κειμήλια
Πολύτιμοι θησαυροί του Ιερού Ναού του Αγίου Παντελεήμονος αποτελούν τα τμήματα από τα σεπτά λείψανα του τιμώμενου Άγιου και του Αγίου Κλήμεντος, Επισκόπου Αγκύρας που φυλάσσονται προς ευλογία και επιστηριγμό των πιστών, καθώς και ο ιερός σκούφος και η τιμία ζώνη του πολυθαυματουργού Αγίου Ιωάννου του Ρώσου, τα οποία βρίσκονται πάντα διαθέσιμα στους πιστούς που έχουν ανάγκη να λάβουν λίγη από την αγιοσύνη του.
