Τον καιρό κατά τον οποίο η Κρήτη ήταν υποταγμένη στους Ενετούς δεν είχε ορθόδοξο επίσκοπο, επειδή τις επισκοπές είχαν σταδιακά καταλάβει Λατίνοι, με δόλιο τρόπο• όταν πέθαινε ένας ορθόδοξος απαγόρευαν να χειροτονηθεί αντικαταστάτης του και όριζαν στην έδρα του δικό τους, παπικό ιεράρχη.
Όσοι λοιπόν από τους ορθοδόξους επιθυμούσαν να ιερωθούν αποστέλλονταν στα Κύθηρα, όπου χειροτονούνταν και επέστρεφαν στην Κρήτη. Την εποχή λοιπόν εκείνοι τρεις διάκονοι πήραν το καράβι, πήγαν στα Κύθηρα, χειροτονήθηκαν ιερείς και επέστρεφαν στο νησί τους. Στο ταξίδι της επιστροφής το καράβι έπεσε στα χέρια Αγαρηνών πειρατών. Ανάμεσα στους άλλους αυτοί αιχμαλώτισαν και τους τρεις νεοχειροτονημένους ιερείς, τους μετέφεραν στη Ρόδο και τους πούλησαν για σκλάβους σε τρεις διαφορετικές οικογένειες Αγαρηνών.
Ενώ και οι τρεις θρηνούσαν για τη συμφορά πού τους έλαχε, άκουσαν για τα θαύματα πού επιτελούνταν με τη χάρη του Αγίου Φανουρίου. Και χωρίς ο ένας ιερέας να ξέρει τι κάνει ο άλλος, έστρεψαν και οι τρεις τη σκέψη τους στον άγιο και τον παρακαλούσαν να μεσιτέψει στον Κύριο και να βρουν την ελευθερία τους, ώστε να επιστρέψουν στο ποίμνιο τους στην Κρήτη. Τότε λοιπόν «ο ταχύς σε προστασία και ισχυρός σε βοήθεια μέγας Φανούριος», εμφανίστηκε σε όραμα στους τρεις διαφορετικούς Αγαρηνούς αφέντες των ιερέων, την ώρα του ύπνου, και τους έδωσε εντολή να επιτρέψουν στους αιχμαλώτους να πάνε να προσκυνήσουν στον ιερό ναό του. Οι σκληροί Αγαρηνοί, θεωρώντας το όραμα αυτό δαιμονική ενέργεια, έδεσαν με αλυσίδες τους σκλάβους τους και τους βασάνισαν.
Τη νύχτα όμως ο άγιος παρουσιάστηκε στους αιχμαλώτους, τους έλυσε από τα δεσμά, τους έδωσε θάρρος και τους βεβαίωσε ότι την άλλη μέρα θα ελευθερωθούν. Έπειτα εμφανίστηκε σε όραμα και στους τρεις Αγαρηνούς και τους προειδοποίησε, ότι αν δεν ελευθερώσουν τους σκλάβους τους, θα δουν τη δύναμη του Θεού! Κι επειδή αυτοί δεν συμμορφώθηκαν, «ξύπνησαν το πρωί τυφλοί, παράλυτοι και μαστιζόμενοι από φρικτούς πόνους». Έντρομοι κάλεσε ο καθένας το δικό του αιχμάλωτο ιερέα και ρώτησαν τι έπρεπε να κάνουν για να γιατρευθούν. Τότε εμφανίστηκε και τρίτη φορά ο άγιος και τους υπέδειξε να στείλουν αμέσως στο ναό του το έγγραφο βεβαίωση ότι ελευθερώνουν το σκλάβο τους και θα γίνονταν και πάλι καλά. Πράγματι το πρωί της επόμενης μέρας άνθρωπος τους προσκόμισε τη βεβαίωση αυτή, αμέσως θεραπεύτηκαν και όχι μόνο άφησαν ελεύθερους τους τρεις ιερείς, αλλά και πλήρωσαν τη δαπάνη του ταξιδιού τους από Ρόδο για Κρήτη.
Το Συναξάρι αναφέρει ότι προτού αναχωρήσουν, οι ιερείς έκαμαν ένα αντίγραφο της ιεράς εικόνας του αγίου Φανουρίου και το πήραν μαζί τους «ως πλούτο ουράνιο και ανέκλειπτο θησαυρό», τιμούσαν δε τον άγιο με ετήσιες πανηγύρεις, χωρίς να πάψουν, ενόσω ζούσαν, να διηγούνται στους χριστιανούς τη μεγάλη ευεργεσία του.