Η Αγία Σοφία Τραπεζούντας, ναός με εξέχουσα θέση τόσο ανάμεσα στα μνημεία του Πόντου, όσο και ανάμεσα στα βυζαντινά μνημεία ευρύτερα, οφείλει τη σημασία της στη σύνδεσή της με ποικίλες ιστορικές και αρχαιολογικές παραμέτρους. Πρώτα απ’ όλα αποτελεί ένα μνημείο σαφώς συνυφασμένο, ήδη από την ίδρυσή του, με την τοπική αυτοκρατορική δυναστεία των Μεγάλων Κομνηνών. Ταυτόχρονα, ο τρόπος με τον οποίο συνδυάζονται τα επιμέρους στοιχεία της αρχιτεκτονικής διαμόρφωσης, της ζωγραφικής, της ψηφιδωτής και της γλυπτής διακόσμησής του θα μπορούσε να χαρακτηριστεί ασυνήθιστος και ίσως μοναδικός. Αυτή η μοναδικότητα έγκειται κυρίως στη συνύπαρξη ετερόκλητων επιδράσεων, οι οποίες παραπέμπουν άλλοτε στη Δύση (σε σχέση με τη συγκεκριμένη γεωγραφική περιοχή) και άλλοτε στην Ανατολή.
Χτισμένος έξω από τα τείχη της Τραπεζούντας, αλλά σε κοντινή τους απόσταση, ο ναός της Αγίας Σοφίας -σύνθετος σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλο, νάρθηκα και τρία εντυπωσιακά πρόπυλα- αποτελεί το κέντρο ενός ευρύτερου οχυρωμένου οικοδομικού συγκροτήματος. Πλαισιώνεται από έναν πύργο με παρεκκλήσι, καθώς και από κατάλοιπα μιας μικρότερης εκκλησίας, αλλά και άλλων κτισμάτων, κατά πάσα πιθανότητα μοναστηριακών. Φιλολογικές πηγές του 14ου αιώνα μνημονεύουν τη μονή “της του Θεού Λόγου Σοφίας”, αλλά και “την μονήν του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού, ήγουν την Αγίαν Σοφίαν”. Επιπλέον, εντυπωσιακά εμφανής και κυρίαρχη στη διαμόρφωση της ταυτότητας του μνημείου είναι η ταφική λειτουργία του, η οποία τεκμαίρεται από τις νεκρικές κόγχες και τις επιτύμβιες επιγραφές που φιλοξενούνται στο ναό. Η λειτουργία πάντως του ναού ως κοιμητηριακού φαίνεται να περιλαμβάνεται στους στόχους της αυτοκρατορικής χορηγίας, όταν ιδρύθηκε είτε από το Μανουήλ Α΄ Μεγάλο Κομνηνό (1238-1263) είτε από τους άμεσους απογόνους του.
