Η σχολή στεγαζόταν αρχικά στη σταυροπηγιακή Μονή της Αγίας Τριάδας, στη Χάλκη, η οποία είχε ιδρυθεί από τον Πατριάρχη Φώτιο Α΄της Κωνσταντινούπολης (858-861 και 878-886).
Το 1844, ο Πατριάρχης Γερμανός Δ΄ κατά την πρώτη του πατριαρχεία (1842-1845), ίδρυσε το 1843 θεολογική Σχολή στις εγκαταστάσεις της μονής της Αγίας Τριάδας, την οποία και εγκαινίασε το αμέσως επόμενο έτος στις 13 Σεπτεμβρίου 1844.
Όλα τα κτήρια, εκτός από ένα παρεκκλήσι, καταστράφηκαν στο μεγάλο σεισμό που συνέβη στη Κωνσταντινούπολη στις 28 Ιουνίου του 1894 με συνέπεια να διακοπεί η λειτουργία της. Μετά από εκτεταμένες επισκευές και αναστηλώσεις από τον αρχιτέκτονα Περικλή Φωτιάδη, διάρκειας 17 μηνών, η σχολή με νέο πλέον κτίριο εγκαινιάστηκε στις 1 Οκτωβρίου του 1896. Σημαντική ανακαίνιση έγινε στη δεκαετία του ’50 σύμφωνα με τη Wikipedia.
Πολλοί Ορθόδοξοι θεολόγοι, ιερείς, επίσκοποι και πατριάρχες φοίτησαν στην Ιερά Θεολογική Σχολή της Χάλκης, συμπεριλαμβανομένου και του Πατριάρχη Βαρθολομαίου. Οι φοιτητές στη Χάλκη περιλάμβαναν όχι μόνο γηγενείς Έλληνες, αλλά και Ορθόδοξους Χριστιανούς από όλο τον κόσμο, προσδίδοντας στη σχολή έναν διεθνή χαρακτήρα. Επίσης, πολλοί πατριάρχες, επίσκοποι και πρώην δάσκαλοι έχουν ταφεί σε ειδική περιοχή του κήπου.
Οι θεολογικές εγκαταστάσεις περιλαμβάνουν το Παρεκκλήσιo της Αγίας Τριάδoς, κοιτώνες, αναρρωτήριο, γραφεία, και την πανεπιστημιακή βιβλιοθήκη η οποία κατέχει σημαντική ιστορική συλλογή βιβλίων, περιοδικών και χειρογράφων.
Το 1971 η σχολή έκλεισε εξαιτίας ενός τουρκικού νόμου που απαγόρευε τη λειτουργία ιδιωτικών πανεπιστημίων. Το 1998 η επιτροπή ιδιοκτητών της σχολής διατάχθηκε να διαλυθεί, αλλά διεθνής κριτική έπεισε την Άγκυρα να ακυρώσει τη διαταγή.
Το διεθνές ενδιαφέρον στραμμένο στη Θεολογική Σχολή
Η Χάλκη έχει λάβει διεθνή προσοχή τα τελευταία χρόνια. Τον Οκτώβριο του 1998, το Κογκρέσο των ΗΠΑ υποστήριξε την επαναλειτουργία της Χάλκης.
Η Ευρωπαϊκή Ένωση έχει αναφέρει επίσης το ζήτημα στις διαπραγματεύσεις για την τουρκική προσχώρηση στην ΕΕ.
Ο Πρόεδρος των ΗΠΑ, Μπιλ Κλίντον επισκέφτηκε την Χάλκη στην επίσκεψή του στην Τουρκία το 1999 και ζήτησε από τον Τούρκο Πρόεδρο Σουλεϊμάν Ντεμιρέλ να επιτρέψει την επαναλειτουργία της σχολής.
Τον Αύγουστο του 2011 ο Τούρκος Πρωθυπουργός Ερντογάν αποφάσισε με διάταγμα ότι τα ακίνητα και τα θρησκευτικά κτίρια του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης, τα οποία κατασχέθηκαν στο παρελθόν πρέπει να επιστραφούν προς το Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης.
Τον Σεπτέμβριο του 2011 ο πρώην Μητροπολίτης Προύσης και νην Αμερικής Ελπιδοφόρος διορίστηκε Καθηγούμενος της Ιεράς Μονής Αγίας Τριάδος Χάλκης.
Τον Ιανουάριο του 2013, ανέφερε η τουρκική εφημερίδα Today’s Zaman ότι το τουρκικό Συμβούλιο Ιδρυμάτων επέστρεψε 190 εκτάρια γης προς το ίδρυμα της Μονής της Αγίας Τριάδος. Το εν λόγω ίδρυμα είναι ο ιδιοκτήτης της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης. Το μεγαλύτερο μέρος αυτής της γης βρίσκεται στο χώρο της Θεολογικής Σχολής.
Έτσι το Οικουμενικό Πατριαρχείο ελπίζει ότι οι υποσχέσεις από την τουρκική κυβέρνηση ότι θα επιτραπεί η επαναλειτουργία της Χάλκης θα τηρηθούν.