Στις εγχειρήσεις αλλαγής φύλου αναφέρθηκε ο πρόεδρος του Τμήματος Εξωτερικών Εκκλησιαστικών Σχέσεων του Πατριαρχείου της Μόσχας, Μητροπολίτης Βολοκολάμσκ κ. Ιλαρίων, τονίζοντας ότι οι γονείς που φυτεύουν αυτές τις ιδέες στο κεφάλι των παιδιών τους πρέπει να διώκονται ποινικά.
“Σύμφωνα με την άποψή μου και την άποψη της Εκκλησίας, τέτοιες εγχειρήσεις είναι έγκλημα εναντίον του Θεού” υπογράμμισε και πρόσθεσε ότι η Εκκλησία δεν αναγνωρίζει το νέο φύλο ενός ανθρώπου, μετά την επέμβαση αλλαγής φύλου: “δεν θα αποδεχθούμε ποτέ αυτόν τον τρόπο ζωής ως φυσιολογικό, όταν τα παιδιά από βρέφη διδάσκονται ότι έχουν ένα βιολογικό φύλο κι ένα φύλο που μπορούν αργότερα να επιλέξουν”. Σύμφωνα με τον Μητρ. Ιλαρίωνα, ένα παιδί πρέπει να περιμένει μέχρι την πλήρη νόμιμη ηλικία για να αποφασίσει “εάν θέλει να μείνει όπως ο Θεός τους δημιούργησε” ή να αλλάξει το φύλο του.
Το 2017, η Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία επέκρινε τον νόμο που ψηφίσθηκε στην Ελλάδα, επιτρέποντας τις επεμβάσεις αλλαγής φύλου σε εφήβους ηλικίας άνω των 15 ετών. Στη Ρωσία, οι χειρουργικές επεμβάσεις για αλλαγή φύλου επιτρέπονται για τους πολίτες ηλικίας 18 ετών και άνω.